More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1720 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 319 aa  639    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.58 
 
 		 313 aa  348  7e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  58.31 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.27 
 
 		 317 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.41 
 
 		 317 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  55.91 
 
 		 308 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.9 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  57.95 
 
 		 332 aa  322  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  55.81 
 
 		 317 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.63 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  56.25 
 
 		 314 aa  315  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  56.54 
 
 		 319 aa  315  7e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  57.76 
 
 		 328 aa  315  9e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  57.1 
 
 		 328 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.96 
 
 		 332 aa  310  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  54.58 
 
 		 308 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  55.41 
 
 		 319 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  52.91 
 
 		 321 aa  307  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  54.17 
 
 		 320 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  58.05 
 
 		 291 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  53.92 
 
 		 339 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  52.9 
 
 		 311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  52.65 
 
 		 311 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  52.41 
 
 		 351 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  52.58 
 
 		 311 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  57.32 
 
 		 308 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.97 
 
 		 307 aa  299  4e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.97 
 
 		 307 aa  299  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  52.87 
 
 		 328 aa  297  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  51.77 
 
 		 347 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  53.33 
 
 		 309 aa  295  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  51.98 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  53.38 
 
 		 308 aa  288  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  53.67 
 
 		 304 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  49.84 
 
 		 312 aa  282  7.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  51.47 
 
 		 304 aa  275  7e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  50.93 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  52.96 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  50 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 		 299 aa  242  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  47.39 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  44.76 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  44.7 
 
 		 301 aa  238  9e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.05 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  38.14 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  39.68 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  47.52 
 
 		 301 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  43.19 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  45.54 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.22 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.87 
 
 		 295 aa  231  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  37.66 
 
 		 309 aa  231  2e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.89 
 
 		 299 aa  230  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.07 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  47.04 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.04 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  41.06 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  46.69 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  46.36 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  45.9 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.24 
 
 		 305 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.03 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  35.47 
 
 		 328 aa  222  7e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  45.54 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  39.74 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  43.69 
 
 		 295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 296 aa  219  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.02 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>