More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1600 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  417  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  86.07 
 
 		 202 aa  370  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  85.57 
 
 		 202 aa  367  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4295  TetR family transcriptional regulator  86.57 
 
 		 203 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.524256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1574  TetR family transcriptional regulator  86.57 
 
 		 203 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00597987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  86.57 
 
 		 203 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3620  TetR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 203 aa  362  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2767  TetR family transcriptional regulator  84.42 
 
 		 214 aa  350  7e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0855812  normal  0.684751 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  75.12 
 
 		 216 aa  325  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  75.12 
 
 		 216 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 216 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 216 aa  214  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  48.48 
 
 		 216 aa  206  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3179  TetR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 228 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4569  TetR family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000147437  normal  0.0336832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3988  regulatory protein, TetR  45.13 
 
 		 233 aa  185  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100564  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4037  TetR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 219 aa  178  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.737605  normal  0.766436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1426  TetR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 260 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  42.56 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1833  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 206 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6233  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 230 aa  167  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275362  normal  0.0744328 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1598  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 230 aa  167  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.535122  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 216 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 220 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0537  putative transcriptional regulator  43.81 
 
 		 206 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  42.64 
 
 		 218 aa  165  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1799  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 206 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  0.822653 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 247 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 220 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 239 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3641  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0507549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 239 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  42.13 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1537  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05660  putative transcriptional regulator  43.3 
 
 		 206 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  162  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 239 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6653  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 230 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  0.0271875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5968  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 230 aa  160  9e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.609129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5724  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5348  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.130352 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3699  TetR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 220 aa  158  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2423  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  43.09 
 
 		 213 aa  155  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4062  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 218 aa  154  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  37.19 
 
 		 213 aa  154  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3493  TetR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 222 aa  154  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  42.55 
 
 		 213 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  42.55 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  39.09 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3444  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 206 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 203 aa  151  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  38.58 
 
 		 218 aa  150  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0247  putative transcriptional regulator  42.05 
 
 		 221 aa  151  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 211 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  41.36 
 
 		 214 aa  149  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4844  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.7 
 
 		 212 aa  147  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  39.7 
 
 		 212 aa  147  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 212 aa  147  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  40.41 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  40.41 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  40.41 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1539  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1250  transcriptional regulator RutR  41.12 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  40.41 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1790  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02090  TetR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 221 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 223 aa  144  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.18 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.18 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.18 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0186  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 203 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.625871  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 203 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 203 aa  142  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  39.18 
 
 		 212 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2860  TetR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 226 aa  141  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.253372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0039  transcriptional regulator, TetR family  38.46 
 
 		 228 aa  141  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  38.66 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1665  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.271808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1423  TetR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 209 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.6699 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1914  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000166268  normal  0.222991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  40.22 
 
 		 211 aa  138  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>