More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1040 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
228 aa  467  1e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  98.68 
 
 
228 aa  459  1e-128  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  88.11 
 
 
228 aa  411  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  87.17 
 
 
228 aa  406  1e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  80.09 
 
 
228 aa  380  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.22448e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.51748e-08  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  7.49692e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 
228 aa  287  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  8.99292e-10  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  60.44 
 
 
228 aa  286  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.56729e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  60 
 
 
228 aa  285  6e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  8.55657e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 
228 aa  281  6e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
228 aa  266  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  59.56 
 
 
228 aa  266  3e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  59.56 
 
 
228 aa  265  3e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
228 aa  265  3e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  59.56 
 
 
228 aa  265  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  51.33 
 
 
277 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 
239 aa  175  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
230 aa  172  4e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
248 aa  164  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  41.4 
 
 
234 aa  164  1e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
227 aa  161  6e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  8.93003e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  39.19 
 
 
231 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
226 aa  156  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
224 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 
240 aa  146  2e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 
227 aa  141  8e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 
241 aa  140  2e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
222 aa  139  4e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
228 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
227 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
238 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
238 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 
238 aa  134  1e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  37.04 
 
 
229 aa  133  2e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
257 aa  133  2e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
232 aa  133  3e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 
242 aa  132  4e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
264 aa  131  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  33.97 
 
 
237 aa  130  1e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
229 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
257 aa  129  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
261 aa  128  8e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
241 aa  127  2e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 
231 aa  127  2e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 
240 aa  125  4e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 
232 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
255 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
244 aa  122  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
265 aa  119  4e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 
230 aa  119  4e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 
265 aa  119  5e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 
231 aa  118  8e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0655  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
257 aa  118  9e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00110649  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.84 
 
 
227 aa  117  2e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
241 aa  115  4e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  9.72767e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
237 aa  112  4e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 
234 aa  110  1e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 
239 aa  111  1e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 
225 aa  111  1e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
226 aa  110  1e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 
234 aa  110  2e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 
239 aa  109  4e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  29.55 
 
 
234 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5598  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
253 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 
236 aa  107  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  3.5042e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
255 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
241 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
255 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
245 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
243 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  31.78 
 
 
239 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
284 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 
225 aa  105  8e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 
234 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
238 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
230 aa  102  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 
235 aa  103  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
229 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
225 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
228 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
222 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  5.25729e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
229 aa  99  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 
232 aa  97.8  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 
227 aa  96.7  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 
231 aa  95.9  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.81506e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
234 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
233 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
229 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
235 aa  92.8  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>