More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4942 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1163  thiamine pyrophosphate protein  75.04 
 
 		 568 aa  853    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.256596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4942  thiamine pyrophosphate protein  100 
 
 		 567 aa  1156    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2885  thiamine pyrophosphate protein  48.56 
 
 		 552 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1932  acetolactate synthase, large subunit  47.09 
 
 		 570 aa  508  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.461619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1410  thiamine pyrophosphate protein  46.96 
 
 		 564 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.372474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2037  thiamine pyrophosphate protein  48.12 
 
 		 549 aa  506  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2625  thiamine pyrophosphate protein  48.01 
 
 		 555 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2121  thiamine pyrophosphate protein  47.05 
 
 		 548 aa  504  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.299662 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0945  thiamine pyrophosphate protein  46.17 
 
 		 561 aa  501  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0284  thiamine pyrophosphate protein  49.28 
 
 		 576 aa  499  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  47.33 
 
 		 568 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0633  thiamine pyrophosphate protein  50.54 
 
 		 553 aa  492  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151923  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1228  thiamine pyrophosphate protein  46.9 
 
 		 575 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299499  normal  0.940009 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2117  thiamine pyrophosphate protein  47.43 
 
 		 556 aa  490  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.925616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1291  thiamine pyrophosphate protein  47.43 
 
 		 575 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0542091  normal  0.167198 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2933  thiamine pyrophosphate protein  47.76 
 
 		 550 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3250  thiamine pyrophosphate protein  48.58 
 
 		 567 aa  485  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.492745  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1353  thiamine pyrophosphate protein  47.53 
 
 		 581 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0136  thiamine pyrophosphate protein  48.76 
 
 		 567 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0138  thiamine pyrophosphate protein  48.94 
 
 		 567 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0128  thiamine pyrophosphate protein  48.76 
 
 		 567 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0427824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3054  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0152  thiamine pyrophosphate protein  48.4 
 
 		 567 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2989  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2795  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  49.3 
 
 		 572 aa  480  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0133  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377635  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3318  thiamine pyrophosphate protein  48.84 
 
 		 567 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3933  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4004  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0998  thiamine pyrophosphate protein  47.31 
 
 		 559 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.79453  normal  0.343483 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2917  thiamine pyrophosphate protein  48.48 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0138  thiamine pyrophosphate protein  48.48 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3316  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1548  thiamine pyrophosphate protein  48.68 
 
 		 567 aa  481  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3250  thiamine pyrophosphate protein  46.64 
 
 		 552 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0654784  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0313  thiamine pyrophosphate protein  47.03 
 
 		 557 aa  478  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1497  thiamine pyrophosphate protein  46.94 
 
 		 582 aa  472  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3016  thiamine pyrophosphate protein  46.32 
 
 		 566 aa  475  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0882  thiamine pyrophosphate protein  44.86 
 
 		 558 aa  472  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38200  thiamine pyrophosphate protein  46.65 
 
 		 552 aa  475  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112999 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0789  thiamine pyrophosphate protein  47.28 
 
 		 564 aa  471  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000306468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1620  thiamine pyrophosphate protein  47.28 
 
 		 567 aa  472  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.738779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1062  acetolactate synthase, large subunit  46.14 
 
 		 556 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0051  thiamine pyrophosphate protein  46.49 
 
 		 574 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1643  thiamine pyrophosphate protein  46.7 
 
 		 559 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.147049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1636  thiamine pyrophosphate protein  46.45 
 
 		 559 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.929542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2263  thiamine pyrophosphate protein  46.23 
 
 		 572 aa  462  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  unclonable  0.00000136096  unclonable  0.000000016429 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3885  thiamine pyrophosphate protein  45.77 
 
 		 572 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1340  thiamine pyrophosphate protein  45.77 
 
 		 565 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2520  thiamine pyrophosphate protein  45.42 
 
 		 565 aa  457  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00121235 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3275  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  45.5 
 
 		 559 aa  457  1e-127  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2213  Fis family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 580 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.851331  normal  0.770524 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2817  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  45 
 
 		 570 aa  450  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.109002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6728  thiamine pyrophosphate protein  45.86 
 
 		 566 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988038  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1264  thiamine pyrophosphate protein  46.98 
 
 		 558 aa  438  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2607  thiamine pyrophosphate protein domain-containing protein  46.14 
 
 		 558 aa  437  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.614627 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1101  thiamine pyrophosphate protein  45.23 
 
 		 559 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1865  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  44.44 
 
 		 572 aa  435  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5061  thiamine pyrophosphate protein  45.71 
 
 		 567 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  0.490143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4600  thiamine pyrophosphate protein  45.54 
 
 		 567 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879686 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0137  thiamine pyrophosphate protein  43.35 
 
 		 538 aa  428  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.239979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6522  thiamine pyrophosphate protein  45.2 
 
 		 561 aa  422  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1557  acetolactate synthase large subunit  42.27 
 
 		 564 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0153426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1115  putative acetolactate synthase large subunit  43.22 
 
 		 586 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0471394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1114  putative pyruvate decarboxylase  44.1 
 
 		 587 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  40.29 
 
 		 551 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  36.17 
 
 		 552 aa  350  5e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3550  acetolactate synthase, large subunit  38.41 
 
 		 583 aa  330  5.0000000000000004e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2477  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  38.5 
 
 		 543 aa  330  6e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.374586  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0664  putative pyruvate decarboxylase  37.48 
 
 		 561 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21480  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme, possible carboligase or decarboxylase  35.61 
 
 		 551 aa  312  1e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2955  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  38.83 
 
 		 565 aa  302  9e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.836437  normal  0.0528961 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0915  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  36.82 
 
 		 560 aa  280  7e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.634895 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0036  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  34.55 
 
 		 543 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0526  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.73 
 
 		 587 aa  251  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1928  acetolactate synthase  31.22 
 
 		 545 aa  248  2e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.886275  normal  0.0286883 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1929  acetolactate synthase catalytic subunit  30.91 
 
 		 572 aa  246  6e-64  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  31.4 
 
 		 566 aa  244  3.9999999999999997e-63  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1666  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.55 
 
 		 567 aa  243  5e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.03 
 
 		 586 aa  243  5e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2128  acetolactate synthase large subunit  28.78 
 
 		 589 aa  243  9e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2091  acetolactate synthase large subunit  28.78 
 
 		 589 aa  243  9e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2482  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.94 
 
 		 561 aa  241  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246138  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1643  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  31.1 
 
 		 572 aa  240  4e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.169007  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.19 
 
 		 588 aa  240  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0666  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.7 
 
 		 552 aa  239  6.999999999999999e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05521  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.11 
 
 		 587 aa  239  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.78481  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3533  acetolactate synthase  31.65 
 
 		 547 aa  239  9e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.476222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.06 
 
 		 576 aa  238  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0051  acetolactate synthase  31.02 
 
 		 547 aa  238  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05901  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.51 
 
 		 587 aa  237  4e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  30.7 
 
 		 552 aa  236  7e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.95 
 
 		 554 aa  236  9e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1850  acetolactate synthase catalytic subunit  31.41 
 
 		 566 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05821  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  29.11 
 
 		 587 aa  235  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.449821  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1837  acetolactate synthase  34.12 
 
 		 553 aa  234  3e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4383  thiamine pyrophosphate protein central region  32.53 
 
 		 578 aa  234  4.0000000000000004e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00140196  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3397  acetolactate synthase  31.19 
 
 		 556 aa  233  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4168  acetolactate synthase  30.98 
 
 		 550 aa  233  9e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08870  acetolactate synthase 1 catalytic subunit  31.13 
 
 		 620 aa  233  9e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>