More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3238 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  100 
 
 		 678 aa  1408    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  77.98 
 
 		 656 aa  1036    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2513  type VI secretion system Vgr family protein  52.95 
 
 		 682 aa  752    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  70.26 
 
 		 616 aa  932    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  73.81 
 
 		 655 aa  974    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  85.1 
 
 		 678 aa  1225    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  77.34 
 
 		 618 aa  915    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  69.14 
 
 		 615 aa  924    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  70.15 
 
 		 617 aa  920    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  75.04 
 
 		 609 aa  930    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  70.22 
 
 		 617 aa  936    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  70.56 
 
 		 619 aa  919    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  73.61 
 
 		 610 aa  944    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  69.44 
 
 		 617 aa  924    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  69.75 
 
 		 617 aa  927    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  44.89 
 
 		 741 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  45.07 
 
 		 741 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  49.23 
 
 		 740 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  49.23 
 
 		 740 aa  595  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  47.85 
 
 		 706 aa  593  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  47.7 
 
 		 694 aa  591  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  47.55 
 
 		 687 aa  582  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  46.93 
 
 		 723 aa  582  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  47.55 
 
 		 687 aa  582  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  47.55 
 
 		 687 aa  582  1e-164  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  52.21 
 
 		 732 aa  574  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  44.8 
 
 		 1017 aa  570  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  45.95 
 
 		 1095 aa  565  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1194  Rhs element Vgr protein  44.17 
 
 		 655 aa  545  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  43.4 
 
 		 694 aa  541  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  45.14 
 
 		 725 aa  539  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  43.99 
 
 		 699 aa  531  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2117  Rhs element Vgr protein  40.58 
 
 		 722 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2614  vgrG protein  40.06 
 
 		 722 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110775 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2371  Rhs element Vgr protein  40.18 
 
 		 725 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2557  type VI secretion system Vgr family protein  40.42 
 
 		 726 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482945  normal  0.0643046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3234  type VI secretion system Vgr family protein  39.66 
 
 		 722 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3386  vgrG protein  39.73 
 
 		 725 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.160309  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  40.96 
 
 		 727 aa  494  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2858  type VI secretion system Vgr family protein  39.16 
 
 		 692 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.374803  normal  0.207801 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  41.19 
 
 		 706 aa  484  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4049  vgrG protein  39.21 
 
 		 771 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  40.39 
 
 		 697 aa  478  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  40.46 
 
 		 706 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1114  type VI secretion system Vgr family protein  36.89 
 
 		 713 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1234  Vgr family type VI secretion system  37.03 
 
 		 704 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270466 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0245  type VI secretion system Vgr family protein  37.64 
 
 		 713 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0243  type VI secretion system Vgr family protein  37.64 
 
 		 713 aa  458  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0251  type VI secretion system Vgr family protein  37.36 
 
 		 713 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830075 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1638  type VI secretion system Vgr family protein  39.47 
 
 		 702 aa  450  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674786  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2202  type VI secretion system Vgr family protein  39.16 
 
 		 702 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0264417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2064  type VI secretion system Vgr family protein  39.32 
 
 		 702 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.201838  normal  0.0713545 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3077  type VI secretion system Vgr family protein  43.54 
 
 		 633 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0616  type VI secretion system Vgr family protein  43.35 
 
 		 633 aa  431  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0499415  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0649  type VI secretion system Vgr family protein  42.97 
 
 		 633 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0587  type VI secretion system Vgr family protein  43.16 
 
 		 633 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  46.39 
 
 		 1019 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  46.19 
 
 		 842 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  35.38 
 
 		 692 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  36.24 
 
 		 680 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  37.32 
 
 		 684 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  33.95 
 
 		 754 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  36.91 
 
 		 678 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  44.74 
 
 		 1019 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  34.5 
 
 		 692 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  33.9 
 
 		 754 aa  400  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  36.91 
 
 		 694 aa  399  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  36.67 
 
 		 680 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  36.78 
 
 		 680 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  36.91 
 
 		 763 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  36.47 
 
 		 680 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  35.62 
 
 		 702 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  35.63 
 
 		 790 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  33.58 
 
 		 683 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  35.14 
 
 		 693 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  35.22 
 
 		 808 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  33.71 
 
 		 709 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  35.07 
 
 		 688 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  34.14 
 
 		 771 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  35.83 
 
 		 680 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  33.84 
 
 		 683 aa  371  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  35.61 
 
 		 741 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  35.09 
 
 		 741 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3949  Rhs element Vgr protein  34.72 
 
 		 691 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  34.75 
 
 		 741 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  36.42 
 
 		 697 aa  350  4e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0454  Rhs element Vgr protein  33.33 
 
 		 671 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3849  Rhs element Vgr protein  32.83 
 
 		 675 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  31.59 
 
 		 689 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2888  hypothetical protein  34.51 
 
 		 668 aa  334  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0153  Rhs element Vgr protein  33.33 
 
 		 689 aa  333  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  31.78 
 
 		 689 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  33.5 
 
 		 668 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  32.91 
 
 		 646 aa  330  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  32.58 
 
 		 643 aa  330  8e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  34.72 
 
 		 668 aa  327  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  33.91 
 
 		 741 aa  326  8.000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  34.01 
 
 		 669 aa  323  6e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3482  Rhs element Vgr protein  32.97 
 
 		 675 aa  323  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0192027  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4080  type VI secretion system Vgr family protein  32.51 
 
 		 771 aa  320  6e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000279673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>