More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0085 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0085  exodeoxyribonuclease III xth  100 
 
 
295 aa  606  1e-172  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.780104  normal  0.0810533 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0092  exodeoxyribonuclease III (xth)  92.99 
 
 
293 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0179  putative exodeoxyribonuclease III (xthA)  80.07 
 
 
271 aa  462  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0284  exodeoxyribonuclease III Xth  78.23 
 
 
270 aa  454  1e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.27736  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0379  exodeoxyribonuclease III  78.23 
 
 
270 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0442  exodeoxyribonuclease III  77.21 
 
 
352 aa  444  1e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.576927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0278  exodeoxyribonuclease III (xth)  74.17 
 
 
270 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0444  exodeoxyribonuclease III Xth  62.73 
 
 
272 aa  348  5e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.264331  normal  0.0814808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3746  exodeoxyribonuclease III Xth  59.64 
 
 
269 aa  341  7e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.428533  normal  0.0169792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4910  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
269 aa  339  3e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2893  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
269 aa  339  3e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4400  exodeoxyribonuclease III Xth  59.42 
 
 
269 aa  336  3e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.794763  normal  0.299594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4030  exodeoxyribonuclease III Xth  59.06 
 
 
269 aa  333  3e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.225807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1927  exodeoxyribonuclease III  60.52 
 
 
289 aa  330  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2004  exodeoxyribonuclease III  60.52 
 
 
268 aa  330  2e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4512  exodeoxyribonuclease III Xth  58.33 
 
 
269 aa  328  5e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.273616 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0962  exodeoxyribonuclease III Xth  59.04 
 
 
268 aa  326  2e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0330  exodeoxyribonuclease III Xth  59.62 
 
 
270 aa  325  7e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0159885 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0194  exodeoxyribonuclease III Xth  57.25 
 
 
290 aa  322  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.074274  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3233  exodeoxyribonuclease III Xth  56.88 
 
 
284 aa  319  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1294  exodeoxyribonuclease III Xth  56.25 
 
 
268 aa  313  2e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.956147  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3054  exodeoxyribonuclease III  58.09 
 
 
268 aa  313  2e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589919  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4232  exodeoxyribonuclease III  57.14 
 
 
267 aa  307  1e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00320873  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4090  exodeoxyribonuclease III Xth  57.04 
 
 
267 aa  307  2e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.424801  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3766  exodeoxyribonuclease III Xth  56.3 
 
 
267 aa  306  2e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.818209 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0095  exodeoxyribonuclease III  54.24 
 
 
271 aa  303  3e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2372  exodeoxyribonuclease III Xth  55.02 
 
 
261 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681659  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0036  exodeoxyribonuclease III  53.87 
 
 
262 aa  289  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000572838 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2948  exodeoxyribonuclease III  53.45 
 
 
270 aa  288  7e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0053  exodeoxyribonuclease III  50.92 
 
 
262 aa  277  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.809091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0421  exodeoxyribonuclease III  48.71 
 
 
262 aa  269  3e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0414  exodeoxyribonuclease III Xth  51.85 
 
 
267 aa  262  6e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.549191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  49.45 
 
 
262 aa  261  9e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24469  hitchhiker  0.00159144 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2506  exodeoxyribonuclease III Xth  49.08 
 
 
262 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0848  exodeoxyribonuclease III  49.08 
 
 
262 aa  259  5e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0490344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5009  exodeoxyribonuclease III Xth  50 
 
 
268 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2671  exodeoxyribonuclease III (xth)  50 
 
 
264 aa  254  1e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.301429  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0045  exodeoxyribonuclease III Xth  52.06 
 
 
270 aa  253  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.278915  normal  0.0499995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3788  exodeoxyribonuclease III Xth  48.7 
 
 
285 aa  252  4e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.996968  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3190  exodeoxyribonuclease III  47.78 
 
 
263 aa  251  8e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3696  exodeoxyribonuclease III xth  45.42 
 
 
249 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  31.23 
 
 
256 aa  141  1e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  31.87 
 
 
281 aa  142  1e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  31.6 
 
 
256 aa  140  2e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1956  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 
264 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0751549  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  33.09 
 
 
275 aa  139  4e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1911  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 
264 aa  139  5e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.517852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2232  exodeoxyribonuclease III Xth  33.7 
 
 
264 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.410107 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  34.08 
 
 
263 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 
267 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3127  exodeoxyribonuclease III Xth  34.55 
 
 
262 aa  137  3e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  33.09 
 
 
263 aa  137  3e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  32.96 
 
 
275 aa  137  3e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  30.43 
 
 
262 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1820  exodeoxyribonuclease III  34.81 
 
 
267 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.458905  hitchhiker  0.00350077 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  33.83 
 
 
279 aa  135  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  33.82 
 
 
263 aa  135  6e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2776  exodeoxyribonuclease III Xth  34.32 
 
 
260 aa  135  7e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  32.47 
 
 
262 aa  134  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  34.47 
 
 
266 aa  134  1e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  32.59 
 
 
266 aa  134  2e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  34.08 
 
 
263 aa  134  2e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 
279 aa  134  2e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  37.41 
 
 
261 aa  134  2e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  34.05 
 
 
264 aa  133  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  30.55 
 
 
281 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  32 
 
 
265 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  35.4 
 
 
265 aa  133  4e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1126  exodeoxyribonuclease III Xth  33.91 
 
 
272 aa  133  4e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00222533  normal  0.38819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  32.22 
 
 
264 aa  133  4e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 
260 aa  133  4e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  31.27 
 
 
281 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1749  exodeoxyribonuclease III  35.27 
 
 
259 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  34.07 
 
 
256 aa  132  7e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  30.66 
 
 
281 aa  132  7e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4997  exodeoxyribonuclease III  35.66 
 
 
258 aa  132  8e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.541642  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  33.33 
 
 
276 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  32.12 
 
 
257 aa  132  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2221  exodeoxyribonuclease III  33.09 
 
 
270 aa  131  1e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.162729  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  32.23 
 
 
270 aa  131  1e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0415  exodeoxyribonuclease III  32.84 
 
 
265 aa  131  1e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  33.33 
 
 
282 aa  130  2e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4446  exodeoxyribonuclease III Xth  35.69 
 
 
258 aa  130  2e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  32.47 
 
 
260 aa  130  2e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1964  exodeoxyribonuclease III Xth  30.83 
 
 
258 aa  131  2e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0747161  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  32.35 
 
 
263 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  32.95 
 
 
254 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  35.19 
 
 
255 aa  130  4e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  33.33 
 
 
255 aa  129  4e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  33.58 
 
 
255 aa  129  4e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1402  exodeoxyribonuclease III  33.21 
 
 
258 aa  129  4e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.941543  normal  0.632012 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  32.38 
 
 
277 aa  129  5e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  32.34 
 
 
263 aa  129  5e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2428  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 
264 aa  129  8e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  32.01 
 
 
258 aa  129  9e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  32.08 
 
 
259 aa  128  9e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.206462  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  31.87 
 
 
263 aa  128  1e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  33.09 
 
 
264 aa  128  1e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  33.08 
 
 
261 aa  128  1e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2921  exodeoxyribonuclease III Xth  32.12 
 
 
264 aa  128  1e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>