166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0778 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 386 aa  753    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  50.63 
 
 		 395 aa  301  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  43.88 
 
 		 304 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  43.93 
 
 		 341 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  43.59 
 
 		 341 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  42.94 
 
 		 339 aa  229  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  41.04 
 
 		 329 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  41.07 
 
 		 305 aa  192  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  37.53 
 
 		 321 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  38.76 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  37.12 
 
 		 345 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  38.15 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  36.83 
 
 		 307 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  36.29 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  43.3 
 
 		 323 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  31.73 
 
 		 333 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  32.64 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  29.58 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.34 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.74 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  29.87 
 
 		 505 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  28.96 
 
 		 301 aa  94  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  27.65 
 
 		 488 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  60.56 
 
 		 313 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  28.21 
 
 		 488 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  36.15 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  30.08 
 
 		 279 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  34.02 
 
 		 266 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.31 
 
 		 269 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  31.45 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  32.43 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  30.93 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.78 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  30.93 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  30.93 
 
 		 269 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  31.31 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.87 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  27.27 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  27.27 
 
 		 268 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  28.99 
 
 		 272 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 325 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  28.57 
 
 		 274 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  25.89 
 
 		 271 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  28.07 
 
 		 273 aa  65.1  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  31.62 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  35.65 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  31.62 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  30.93 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  28.57 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  25.89 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  32.99 
 
 		 343 aa  63.2  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28.07 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  32.06 
 
 		 243 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  26.09 
 
 		 487 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  31.53 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  31.96 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  33.62 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  33.98 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  28.97 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.83 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  28.83 
 
 		 262 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  28.08 
 
 		 264 aa  59.3  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  22.54 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  28.83 
 
 		 262 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  28.71 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  27.83 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  28.22 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  31.9 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  31.9 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  28.22 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  31.45 
 
 		 281 aa  56.6  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  27.42 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 		 377 aa  56.2  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  28.87 
 
 		 250 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  29.36 
 
 		 253 aa  55.8  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  27.88 
 
 		 321 aa  55.8  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  27.78 
 
 		 335 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  28.04 
 
 		 248 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  28.87 
 
 		 250 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  28.87 
 
 		 250 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  28.87 
 
 		 250 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  24.66 
 
 		 254 aa  55.5  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 312 aa  55.1  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  28.87 
 
 		 262 aa  54.7  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  27.08 
 
 		 318 aa  54.7  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  25.69 
 
 		 258 aa  54.3  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  29.29 
 
 		 300 aa  53.9  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 308 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  29.29 
 
 		 305 aa  53.9  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  37.5 
 
 		 254 aa  53.5  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 255 aa  53.5  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  27.84 
 
 		 249 aa  53.1  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  27.84 
 
 		 249 aa  53.1  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>