66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0078 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  100 
 
 		 327 aa  645    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1597  hypothetical protein  40.13 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.214914 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  27.08 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4507  hypothetical protein  41.76 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0583958  normal  0.160603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  29.58 
 
 		 279 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  33.87 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  25.94 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  29.09 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  27.59 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  25.62 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  29.74 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  29.84 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 336 aa  60.1  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  27.42 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  27.19 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  28.24 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  24.38 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  26.21 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  24.3 
 
 		 333 aa  55.8  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  25.52 
 
 		 341 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  25.1 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  25.52 
 
 		 341 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  28.85 
 
 		 329 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 		 270 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  30.19 
 
 		 328 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  23.89 
 
 		 350 aa  50.8  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  26.46 
 
 		 274 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  26.46 
 
 		 274 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  27.14 
 
 		 488 aa  47.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  27.35 
 
 		 274 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  27.93 
 
 		 345 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  26.95 
 
 		 505 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  27.14 
 
 		 488 aa  47.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  26.11 
 
 		 334 aa  47  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  26.46 
 
 		 279 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  33.04 
 
 		 273 aa  47  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  23.85 
 
 		 239 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 		 248 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  30.28 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  29.17 
 
 		 266 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  31.13 
 
 		 322 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  21.96 
 
 		 267 aa  44.3  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  25.73 
 
 		 264 aa  44.3  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  26.39 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  26.39 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  24.27 
 
 		 263 aa  44.3  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  28.7 
 
 		 258 aa  43.9  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  43.9  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  24.76 
 
 		 395 aa  43.9  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  28.44 
 
 		 271 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  28.44 
 
 		 268 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  24.54 
 
 		 262 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  24.54 
 
 		 262 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  27.6 
 
 		 285 aa  43.5  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  24.27 
 
 		 263 aa  43.5  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  28.44 
 
 		 268 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  25.53 
 
 		 291 aa  43.5  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  27.51 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  28.7 
 
 		 258 aa  43.5  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  28.44 
 
 		 268 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>