124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0564 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  91.97 
 
 		 274 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  91.97 
 
 		 274 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  48.69 
 
 		 281 aa  222  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  49.09 
 
 		 272 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  45.66 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0688  hypothetical protein  47.99 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.17746  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  32.4 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  36.94 
 
 		 345 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  25.91 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  33.78 
 
 		 386 aa  69.3  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  25.31 
 
 		 279 aa  68.6  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  31.01 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  28.86 
 
 		 505 aa  64.7  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  30.38 
 
 		 328 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  31.78 
 
 		 488 aa  62.8  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  31.78 
 
 		 488 aa  62.8  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  32.39 
 
 		 341 aa  62.8  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  31.21 
 
 		 341 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  31.86 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  32.43 
 
 		 333 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  28.57 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  29.84 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  32.5 
 
 		 339 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  28.33 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  25.82 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  28.33 
 
 		 272 aa  58.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  32.73 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  29.25 
 
 		 323 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  29.38 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  27.74 
 
 		 284 aa  57  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  31.03 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  27.27 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  33.98 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  34.31 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  28.29 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  29 
 
 		 257 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  25.47 
 
 		 236 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  30.88 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  24.35 
 
 		 263 aa  53.9  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  26.12 
 
 		 304 aa  53.9  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  29.23 
 
 		 268 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  29.23 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  29.23 
 
 		 268 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  20.95 
 
 		 261 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  27.56 
 
 		 261 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  24.17 
 
 		 283 aa  53.1  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  29.23 
 
 		 271 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  24.12 
 
 		 269 aa  52.4  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  24.41 
 
 		 239 aa  52  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 		 305 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 		 336 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  28.1 
 
 		 274 aa  50.4  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  31.39 
 
 		 268 aa  50.1  0.00004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  24.76 
 
 		 348 aa  49.7  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  22.92 
 
 		 283 aa  49.7  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  31.11 
 
 		 327 aa  49.3  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  33.66 
 
 		 263 aa  49.3  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  28.26 
 
 		 273 aa  49.7  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  27.69 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  30.3 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  27.95 
 
 		 329 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  22.69 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  26.36 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  25.25 
 
 		 292 aa  47.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  33.08 
 
 		 343 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0364  hypothetical protein  34.23 
 
 		 305 aa  47.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.947228  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 274 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 		 269 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 		 269 aa  47  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 		 269 aa  47  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  20.09 
 
 		 271 aa  47  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  29.03 
 
 		 249 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  26.36 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  24.27 
 
 		 271 aa  46.6  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  24.06 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  23.95 
 
 		 272 aa  46.2  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  23.83 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  28.83 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  24.79 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  25.55 
 
 		 248 aa  45.4  0.0009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  23.42 
 
 		 269 aa  45.4  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  25.26 
 
 		 249 aa  45.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 		 377 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  24.75 
 
 		 258 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  24.24 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  23.77 
 
 		 266 aa  44.7  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  26.49 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  26.49 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  25.26 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  30.7 
 
 		 253 aa  44.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  27.97 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  23.59 
 
 		 333 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  27.56 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  30.91 
 
 		 308 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  28.76 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  23.42 
 
 		 272 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>