172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1113 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  100 
 
 		 272 aa  537  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  55 
 
 		 283 aa  256  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  53.03 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  51.57 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  49.61 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  49.61 
 
 		 274 aa  205  6e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0688  hypothetical protein  45.16 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.17746  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  28.27 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  34.97 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  25.91 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  34.55 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  33.33 
 
 		 488 aa  79  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  26.27 
 
 		 279 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  33.33 
 
 		 488 aa  78.6  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  29.23 
 
 		 274 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  33.33 
 
 		 505 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  36.43 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  32.86 
 
 		 333 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  28.21 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  28.21 
 
 		 261 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  29.76 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  26.02 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  26.18 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  28.19 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  28.19 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  27.05 
 
 		 284 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 		 269 aa  67  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  29.29 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  32.37 
 
 		 323 aa  65.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  36.19 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  35.59 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 		 395 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  34.23 
 
 		 339 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  34.95 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  31.37 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0364  hypothetical protein  31.58 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.947228  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  29.57 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  31.97 
 
 		 345 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  26.9 
 
 		 236 aa  62  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  25.51 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  29.41 
 
 		 249 aa  62  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  30.05 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  28.43 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  26.37 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  28.92 
 
 		 249 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  28.92 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  28.92 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  28.92 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  32.82 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  27.94 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  29.91 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  23.62 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  25.13 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  28.97 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  28.26 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  30.09 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1597  hypothetical protein  24.29 
 
 		 313 aa  57.8  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.214914 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  30.84 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  31.9 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  30.84 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  31.53 
 
 		 313 aa  57  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  28.97 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  25.24 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  28.97 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  22.04 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  22.04 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  27.87 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  31.43 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  22.04 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  22.04 
 
 		 262 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  29.75 
 
 		 269 aa  55.8  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  28.97 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  25.65 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  21.7 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 		 272 aa  55.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  27.78 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  25.65 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  27.78 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  23.56 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  27.78 
 
 		 269 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  26.83 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  25 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  28.97 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  30.39 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  27.05 
 
 		 345 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  23.58 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  21.7 
 
 		 271 aa  53.5  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  27.1 
 
 		 239 aa  53.1  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  26.29 
 
 		 262 aa  53.5  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>