More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2709 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  100 
 
 
418 aa  843  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  67.65 
 
 
420 aa  564  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  62.77 
 
 
439 aa  532  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  62.01 
 
 
422 aa  529  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  62.32 
 
 
419 aa  528  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  60.78 
 
 
422 aa  523  1e-147  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  57.83 
 
 
420 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  2.99734e-06 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  58.05 
 
 
425 aa  470  1e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  43.45 
 
 
419 aa  309  6e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  40.24 
 
 
432 aa  285  1e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  40.82 
 
 
405 aa  270  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  41.46 
 
 
403 aa  263  5e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.51154e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  39.69 
 
 
404 aa  259  9e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  38.89 
 
 
404 aa  240  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.46 
 
 
415 aa  238  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0550  phage integrase family protein  37.15 
 
 
413 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0350  phage integrase family protein  35.9 
 
 
427 aa  213  4e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  34.29 
 
 
414 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  34.29 
 
 
409 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  34.12 
 
 
409 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  33.58 
 
 
410 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  30.49 
 
 
414 aa  179  6e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  34.57 
 
 
409 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  30.49 
 
 
414 aa  179  1e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  33.17 
 
 
410 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  31.6 
 
 
413 aa  174  2e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  29.74 
 
 
406 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  31.11 
 
 
403 aa  160  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  31.19 
 
 
414 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  29.12 
 
 
440 aa  155  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  30.79 
 
 
515 aa  153  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  30.88 
 
 
411 aa  151  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  31.05 
 
 
394 aa  150  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  31.75 
 
 
396 aa  149  1e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  29.56 
 
 
411 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  32.45 
 
 
414 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4258  phage integrase family site specific recombinase  35.83 
 
 
293 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  30.08 
 
 
404 aa  144  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  30.45 
 
 
439 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  30.08 
 
 
404 aa  144  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  29.82 
 
 
404 aa  143  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  30.08 
 
 
404 aa  143  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  31.13 
 
 
404 aa  143  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2526  Phage integrase  30.41 
 
 
481 aa  142  1e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.37436e-09  normal  0.0434699 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  30.37 
 
 
409 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  29.7 
 
 
410 aa  140  4e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  30.69 
 
 
389 aa  140  4e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  30.5 
 
 
413 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  30.87 
 
 
394 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  29.76 
 
 
418 aa  139  8e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  28.87 
 
 
449 aa  139  8e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  29.63 
 
 
387 aa  139  9e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  29.85 
 
 
402 aa  139  9e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5642  Phage integrase  30.9 
 
 
403 aa  139  9e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  7.34e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  31.45 
 
 
401 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  30.39 
 
 
438 aa  138  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  30.69 
 
 
400 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  28.81 
 
 
446 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  30.65 
 
 
396 aa  137  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  30.69 
 
 
413 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  28.33 
 
 
426 aa  137  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  29.05 
 
 
455 aa  136  7e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  28.5 
 
 
412 aa  135  1e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  29.66 
 
 
409 aa  135  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  31.33 
 
 
402 aa  135  2e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.57829e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  30.22 
 
 
445 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  29.41 
 
 
404 aa  134  4e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  29.41 
 
 
404 aa  134  4e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  27.49 
 
 
433 aa  134  4e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  30.3 
 
 
418 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  30.07 
 
 
400 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  7.70896e-14  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  30.45 
 
 
399 aa  132  1e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  29.95 
 
 
402 aa  132  1e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  27.63 
 
 
439 aa  132  1e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.79 
 
 
402 aa  131  2e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  28.37 
 
 
427 aa  131  2e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  27.93 
 
 
425 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  28.74 
 
 
404 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  29.23 
 
 
428 aa  130  4e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  27.43 
 
 
406 aa  130  5e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  29.6 
 
 
401 aa  130  5e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  29.61 
 
 
418 aa  129  7e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  28.74 
 
 
404 aa  129  7e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  29.09 
 
 
413 aa  129  7e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  28.02 
 
 
434 aa  129  8e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  29.3 
 
 
404 aa  129  9e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  28.82 
 
 
402 aa  129  9e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  29.06 
 
 
398 aa  129  1e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  30.19 
 
 
418 aa  129  1e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  28.34 
 
 
415 aa  128  2e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  28.14 
 
 
404 aa  128  2e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  28.88 
 
 
417 aa  128  2e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  28.68 
 
 
418 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  28.68 
 
 
418 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  29.7 
 
 
395 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  27.88 
 
 
390 aa  126  8e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  28.29 
 
 
404 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  30.15 
 
 
418 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  29.06 
 
 
418 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  29.44 
 
 
426 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>