More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4258 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4258  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  84.64 
 
 		 404 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  55.97 
 
 		 432 aa  345  7e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  51.43 
 
 		 403 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  47.93 
 
 		 404 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  46.76 
 
 		 415 aa  269  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  46.23 
 
 		 405 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0350  phage integrase family protein  37.79 
 
 		 427 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0550  phage integrase family protein  37.12 
 
 		 413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  36.33 
 
 		 419 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  37.25 
 
 		 420 aa  169  7e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  33.44 
 
 		 420 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  33.22 
 
 		 422 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  33.55 
 
 		 439 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  33.44 
 
 		 419 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  34.64 
 
 		 425 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  33.22 
 
 		 422 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  35.83 
 
 		 418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  29.63 
 
 		 515 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.09 
 
 		 406 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  27.97 
 
 		 414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.63 
 
 		 413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  27.59 
 
 		 414 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  28.86 
 
 		 394 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  26.78 
 
 		 397 aa  104  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  27.68 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.33 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  28.36 
 
 		 404 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  27.11 
 
 		 389 aa  102  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  26.57 
 
 		 391 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  29.92 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  30.58 
 
 		 413 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  26.67 
 
 		 387 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  28.91 
 
 		 427 aa  98.2  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  30.03 
 
 		 409 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  30.03 
 
 		 414 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  31.27 
 
 		 399 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  28.81 
 
 		 403 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  31.72 
 
 		 404 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  30.03 
 
 		 409 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  26.32 
 
 		 367 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  30.4 
 
 		 433 aa  95.9  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  25.51 
 
 		 404 aa  95.5  9e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  25.17 
 
 		 404 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  25.17 
 
 		 404 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  27.46 
 
 		 410 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  26.39 
 
 		 385 aa  94  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1632  phage integrase  24.66 
 
 		 413 aa  94  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.986406  hitchhiker  0.00880856 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  26.19 
 
 		 396 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  27.18 
 
 		 414 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  27.21 
 
 		 396 aa  93.6  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  30.26 
 
 		 409 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  25.44 
 
 		 397 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  28.27 
 
 		 440 aa  92.8  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  28.8 
 
 		 439 aa  92.4  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  25.59 
 
 		 411 aa  92  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  27.21 
 
 		 402 aa  91.3  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  27.72 
 
 		 399 aa  91.3  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.84 
 
 		 394 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  27.84 
 
 		 396 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  26.51 
 
 		 418 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.84 
 
 		 394 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  26.83 
 
 		 426 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  26.86 
 
 		 400 aa  90.5  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  29.59 
 
 		 400 aa  90.5  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  25.91 
 
 		 394 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  25.91 
 
 		 394 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  29.15 
 
 		 439 aa  89.4  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1967  integrase family protein  29.54 
 
 		 429 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.211541  normal  0.0364461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  25.48 
 
 		 461 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  29.04 
 
 		 408 aa  89  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 395 aa  89  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  26.88 
 
 		 398 aa  89  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  25.72 
 
 		 395 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3540  phage integrase family protein  28.17 
 
 		 420 aa  88.6  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.216413  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  24.57 
 
 		 402 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  25.34 
 
 		 401 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  29.34 
 
 		 428 aa  87.8  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 389 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  28.11 
 
 		 402 aa  87  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  28.04 
 
 		 413 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  26.06 
 
 		 400 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  28.79 
 
 		 418 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3095  integrase family protein  28.77 
 
 		 392 aa  85.9  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000033184 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  25.57 
 
 		 410 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  25.95 
 
 		 446 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  26.64 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  25.27 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  28.33 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  27.14 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  27.64 
 
 		 418 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  23.89 
 
 		 387 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  25.18 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  27.56 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 390 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  26.16 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  24.19 
 
 		 429 aa  84.3  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  24.73 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  24.63 
 
 		 396 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>