More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0266 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0266  ribosomal protein L6  100 
 
 		 179 aa  358  2e-98  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1722  50S ribosomal protein L6  81.01 
 
 		 179 aa  296  1e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0239785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2318  ribosomal protein L6  54.55 
 
 		 179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000220779  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20720  LSU ribosomal protein L6P  57.87 
 
 		 179 aa  194  4.0000000000000005e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  53.11 
 
 		 178 aa  194  7e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5139  ribosomal protein L6  54.24 
 
 		 178 aa  191  4e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.65449 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17020  LSU ribosomal protein L6P  53.11 
 
 		 177 aa  190  9e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0413  ribosomal protein L6  53.93 
 
 		 179 aa  190  1e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0321  50S ribosomal protein L6P  52.25 
 
 		 179 aa  189  1e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365002 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2673  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 178 aa  189  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2961  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 178 aa  187  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0239512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3691  ribosomal protein L6  50.28 
 
 		 178 aa  186  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  0.000000282439  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3128  ribosomal protein L6  51.69 
 
 		 179 aa  186  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16641  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 		 179 aa  186  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2163  ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 179 aa  185  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0225942  normal  0.802348 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0602  ribosomal protein L6  52.81 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.273648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10733  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  185  3e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0858871  normal  0.777005 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2644  ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  185  4e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1030  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  184  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000375476  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1047  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  184  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000313329  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1059  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  184  5e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.000000526273  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0597  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 178 aa  184  6e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1138  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 178 aa  184  6e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.891595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1559  ribosomal protein L6  49.44 
 
 		 179 aa  183  9e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000979408  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0642  ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 178 aa  184  9e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0688878  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4492  ribosomal protein L6  51.69 
 
 		 179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  49.15 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23171  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  50.85 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  0.00000113192 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1856  50S ribosomal protein L6  47.13 
 
 		 177 aa  181  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.789542  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09850  LSU ribosomal protein L6P  47.46 
 
 		 180 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.012035  hitchhiker  0.0000169605 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0703  ribosomal protein L6  51.12 
 
 		 179 aa  181  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5032  50S ribosomal protein L6  50.56 
 
 		 179 aa  181  6e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00000333726  normal  0.564685 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  48.86 
 
 		 179 aa  181  6e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29590  LSU ribosomal protein L6P  51.69 
 
 		 179 aa  181  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.775265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04130  LSU ribosomal protein L6P  52.25 
 
 		 179 aa  180  8.000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1509  ribosomal protein L6  51.69 
 
 		 182 aa  180  9.000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.84211  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17261  50S ribosomal protein L6  51.98 
 
 		 179 aa  180  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6034  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1337  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 179 aa  179  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000514634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19891  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4300  50S ribosomal protein L6  53.37 
 
 		 180 aa  179  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.118959  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1115  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0362  50S ribosomal protein L6  50.84 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.08503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1200  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 		 179 aa  179  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.046217 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0577  50S ribosomal protein L6  54.19 
 
 		 180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17351  50S ribosomal protein L6  51.41 
 
 		 179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3890  50S ribosomal protein L6  53.93 
 
 		 179 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3402  ribosomal protein L6  51.69 
 
 		 179 aa  178  4e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.587157  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3908  50S ribosomal protein L6  53.37 
 
 		 180 aa  177  7e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.383455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1445  50S ribosomal protein L6  45.98 
 
 		 177 aa  177  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.279932 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23650  LSU ribosomal protein L6P  52.51 
 
 		 180 aa  177  9e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.291924  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1969  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 179 aa  177  9e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1001  50S ribosomal protein L6  45.98 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372687  normal  0.0102466 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1347  50S ribosomal protein L6  45.4 
 
 		 177 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000134886  normal  0.277418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0338  50S ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 177 aa  175  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1730  50S ribosomal protein L6  50.59 
 
 		 182 aa  175  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000672522  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1636  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 179 aa  175  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17511  50S ribosomal protein L6  50.85 
 
 		 179 aa  174  4e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1629  50S ribosomal protein L6  45.98 
 
 		 177 aa  173  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.415246  normal  0.285193 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2981  50S ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2140  50S ribosomal protein L6P  46.59 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.105025  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1369  50S ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.0841779 
 
 
-
 
NC_004310  BR1218  50S ribosomal protein L6  46.55 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1355  ribosomal protein L6  51.72 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1181  50S ribosomal protein L6  46.55 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.238097  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2159  50S ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 177 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000302064  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2066  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1860  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 178 aa  171  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1689  50S ribosomal protein L6  49.15 
 
 		 178 aa  171  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.267616  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4929  ribosomal protein L6  51.12 
 
 		 179 aa  171  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377374  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1338  50S ribosomal protein L6  48.28 
 
 		 177 aa  171  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0946  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 180 aa  170  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.183711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1101  50S ribosomal protein L6  49.16 
 
 		 180 aa  170  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0569151 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1923  50S ribosomal protein L6  48.85 
 
 		 177 aa  170  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591582  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  46.89 
 
 		 178 aa  170  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2445  50S ribosomal protein L6  51.18 
 
 		 183 aa  169  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.789382 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2699  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 179 aa  170  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2384  50S ribosomal protein L6  50 
 
 		 179 aa  170  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2203  50S ribosomal protein L6  47.13 
 
 		 177 aa  170  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0750089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1971  50S ribosomal protein L6  45.98 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000104023  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 		 178 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0606  50S ribosomal protein L6  47.13 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1663  50S ribosomal protein L6  45.4 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0799519  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0437  50S ribosomal protein L6  51.76 
 
 		 184 aa  169  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.140454  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1750  50S ribosomal protein L6  47.16 
 
 		 179 aa  169  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.406175  normal  0.64108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2464  50S ribosomal protein L6  47.13 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1270  ribosomal protein L6  49.43 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2186  50S ribosomal protein L6  47.13 
 
 		 177 aa  168  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.788947 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4011  50S ribosomal protein L6  49.46 
 
 		 187 aa  168  3e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000166589  hitchhiker  0.0000686168 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1081  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 		 179 aa  168  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.253024  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0301  ribosomal protein L6  46.89 
 
 		 180 aa  167  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000179167  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0713  50S ribosomal protein L6  44.83 
 
 		 177 aa  167  7e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0735747  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  49.72 
 
 		 179 aa  167  8e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2842  50S ribosomal protein L6  48.02 
 
 		 179 aa  167  9e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00681087  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0882  50S ribosomal protein L6  47.75 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.527147  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0230  50S ribosomal protein L6  47.06 
 
 		 182 aa  166  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000764662  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0074  50S ribosomal protein L6  47.46 
 
 		 178 aa  167  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2803  50S ribosomal protein L6  48.85 
 
 		 177 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.536694  normal  0.461526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>