More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4011 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4011  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
187 aa  368  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000166589  hitchhiker  0.0000686168 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1170  50S ribosomal protein L6  90.91 
 
 
187 aa  340  5e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.011794  normal  0.0958603 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3009  50S ribosomal protein L6  67.38 
 
 
187 aa  261  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.149447  hitchhiker  0.00994922 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4929  ribosomal protein L6  56.22 
 
 
179 aa  216  2e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00377374  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0301  ribosomal protein L6  59.36 
 
 
180 aa  213  9e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000179167  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0126  50S ribosomal protein L6  57.3 
 
 
178 aa  211  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0122  50S ribosomal protein L6  57.84 
 
 
178 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2631  50S ribosomal protein L6P  56.22 
 
 
178 aa  205  4e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.242825  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0137  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.83996e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0125  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315024  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0125  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0121  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0119  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000265093  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0146  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000964591  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0125  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00622633  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0156  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  203  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000162457  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0602  ribosomal protein L6  57.53 
 
 
179 aa  202  2e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.273648  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2318  ribosomal protein L6  55.98 
 
 
179 aa  202  3e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000220779  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5180  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
179 aa  201  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000519907  unclonable  1.81149e-25 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1730  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
182 aa  200  9e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000672522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0120  50S ribosomal protein L6  55.14 
 
 
179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000168089  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3128  ribosomal protein L6  54.84 
 
 
179 aa  199  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0209  LSU ribosomal protein L6P  54.59 
 
 
178 aa  199  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.077075  normal  0.533407 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0857  ribosomal protein L6  57.92 
 
 
184 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0642  ribosomal protein L6  54.59 
 
 
178 aa  198  5e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0688878  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1169  ribosomal protein L6  53.26 
 
 
179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.324291  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29590  LSU ribosomal protein L6P  55.38 
 
 
179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.775265  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0119  50S ribosomal protein L6  54.05 
 
 
179 aa  196  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000205529  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2445  50S ribosomal protein L6  55.62 
 
 
183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.789382 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0321  50S ribosomal protein L6P  55.91 
 
 
179 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365002 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2696  ribosomal protein L6  55.14 
 
 
179 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3652  50S ribosomal protein L6  54.59 
 
 
180 aa  195  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000101089  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0230  50S ribosomal protein L6  56.18 
 
 
182 aa  194  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000764662  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2699  50S ribosomal protein L6  50.81 
 
 
179 aa  194  7e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2384  50S ribosomal protein L6  50.81 
 
 
179 aa  194  7e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3908  50S ribosomal protein L6  55.91 
 
 
180 aa  194  9e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.383455  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2918  50S ribosomal protein L6P  53.37 
 
 
183 aa  193  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000181969  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0597  50S ribosomal protein L6  52.43 
 
 
178 aa  192  2e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1337  50S ribosomal protein L6  53.23 
 
 
179 aa  191  5e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000514634  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0730  ribosomal protein L6  53.45 
 
 
184 aa  191  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4300  50S ribosomal protein L6  54.84 
 
 
180 aa  191  7e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.118959  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1509  ribosomal protein L6  51.6 
 
 
182 aa  191  7e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.84211  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17020  LSU ribosomal protein L6P  53.51 
 
 
177 aa  191  7e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16641  50S ribosomal protein L6  54.59 
 
 
179 aa  190  9e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5032  50S ribosomal protein L6  52.69 
 
 
179 aa  188  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00000333726  normal  0.564685 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10733  50S ribosomal protein L6  51.61 
 
 
179 aa  187  8e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0858871  normal  0.777005 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5139  ribosomal protein L6  52.97 
 
 
178 aa  187  9e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.65449 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09850  LSU ribosomal protein L6P  51.08 
 
 
180 aa  186  1e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.012035  hitchhiker  0.0000169605 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0773  ribosomal protein L6 signature 1  55.06 
 
 
183 aa  187  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000853841  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23320  LSU ribosomal protein L6P  53.23 
 
 
181 aa  186  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000190859  hitchhiker  0.00000113192 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2644  ribosomal protein L6  52.69 
 
 
179 aa  186  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1200  50S ribosomal protein L6  53.76 
 
 
179 aa  186  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.046217 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1059  50S ribosomal protein L6  51.08 
 
 
179 aa  185  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.000000526273  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1101  50S ribosomal protein L6  53.48 
 
 
180 aa  185  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0569151 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1030  50S ribosomal protein L6  51.08 
 
 
179 aa  185  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000375476  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0617  ribosomal protein L6  50.8 
 
 
185 aa  185  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2961  50S ribosomal protein L6  51.89 
 
 
178 aa  185  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0239512  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1047  50S ribosomal protein L6  51.08 
 
 
179 aa  185  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.000313329  normal  0.196922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6034  50S ribosomal protein L6  50.81 
 
 
178 aa  184  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2140  50S ribosomal protein L6P  52.72 
 
 
177 aa  185  4e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.105025  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2892  ribosomal protein L6  53.48 
 
 
180 aa  184  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23171  50S ribosomal protein L6  52.43 
 
 
179 aa  184  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1361  50S ribosomal protein L6  52.43 
 
 
179 aa  184  6e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000776648  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3890  50S ribosomal protein L6  53.23 
 
 
179 aa  184  8e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4492  ribosomal protein L6  52.69 
 
 
179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04130  LSU ribosomal protein L6P  52.69 
 
 
179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0996  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.156125  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1115  50S ribosomal protein L6  51.61 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0362  50S ribosomal protein L6  51.34 
 
 
181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.08503  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0577  50S ribosomal protein L6  55.61 
 
 
180 aa  182  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19891  50S ribosomal protein L6  51.61 
 
 
179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4306  ribosomal protein L6  53.23 
 
 
185 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3402  ribosomal protein L6  51.61 
 
 
179 aa  181  8.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.587157  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1270  ribosomal protein L6  51.09 
 
 
177 aa  180  1e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0882  50S ribosomal protein L6  50.81 
 
 
180 aa  180  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.527147  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2673  50S ribosomal protein L6  50.27 
 
 
178 aa  180  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20720  LSU ribosomal protein L6P  51.61 
 
 
179 aa  179  1e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2262  50S ribosomal protein L6  51.89 
 
 
178 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00376277  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2303  50S ribosomal protein L6  51.89 
 
 
178 aa  179  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0125142  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1636  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
179 aa  179  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1138  ribosomal protein L6  51.35 
 
 
178 aa  179  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.891595  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0437  50S ribosomal protein L6  53.37 
 
 
184 aa  179  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.140454  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2163  ribosomal protein L6  51.35 
 
 
179 aa  178  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0225942  normal  0.802348 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1306  50S ribosomal protein L6  50.26 
 
 
191 aa  178  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629713  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2218  50S ribosomal protein L6  51.35 
 
 
179 aa  178  4.999999999999999e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.545954  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0641  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
179 aa  177  7e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000903619  hitchhiker  0.0000000381043 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0716  50S ribosomal protein L6  52.43 
 
 
179 aa  177  8e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00767728  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0705  50S ribosomal protein L6  52.25 
 
 
182 aa  177  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000289089  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2604  50S ribosomal protein L6  53.23 
 
 
179 aa  177  9e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000953175  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6599  ribosomal protein L6  49.46 
 
 
179 aa  177  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17261  50S ribosomal protein L6  49.73 
 
 
179 aa  177  9e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1816  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
178 aa  176  1e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.997854  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1969  50S ribosomal protein L6  50.81 
 
 
179 aa  176  1e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17511  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
179 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3980  ribosomal protein L6  50 
 
 
177 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2573  50S ribosomal protein L6  51.69 
 
 
182 aa  177  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0703  ribosomal protein L6  52.15 
 
 
179 aa  177  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17351  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
179 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1630  ribosomal protein L6  48.39 
 
 
184 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1081  50S ribosomal protein L6  49.19 
 
 
179 aa  176  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.253024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>