More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0054 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  92.05 
 
 		 654 aa  1224    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  93.71 
 
 		 652 aa  1253    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  100 
 
 		 654 aa  1344    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  95.4 
 
 		 652 aa  1271    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  53.87 
 
 		 669 aa  646    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0011  hypothetical protein  79.38 
 
 		 422 aa  689    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  42.14 
 
 		 670 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  30.97 
 
 		 683 aa  237  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  30.02 
 
 		 658 aa  231  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  33.17 
 
 		 636 aa  231  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  31.05 
 
 		 690 aa  230  6e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  32.05 
 
 		 740 aa  227  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  31.45 
 
 		 681 aa  227  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  31.9 
 
 		 682 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  32.04 
 
 		 727 aa  223  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  30.08 
 
 		 684 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  30.43 
 
 		 688 aa  218  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  30.43 
 
 		 688 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  32.11 
 
 		 765 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  31.38 
 
 		 709 aa  213  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  32.58 
 
 		 615 aa  213  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  29.68 
 
 		 751 aa  211  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 645 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  29.77 
 
 		 684 aa  211  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  31.7 
 
 		 683 aa  210  8e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  29.94 
 
 		 667 aa  207  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  31.08 
 
 		 689 aa  204  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  32.14 
 
 		 754 aa  203  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  30.35 
 
 		 715 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  30.51 
 
 		 680 aa  201  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  29.21 
 
 		 687 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  28.01 
 
 		 703 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  29.79 
 
 		 687 aa  193  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  29.86 
 
 		 679 aa  189  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  29.89 
 
 		 679 aa  187  5e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  29.8 
 
 		 734 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  29.17 
 
 		 687 aa  185  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  27.93 
 
 		 694 aa  185  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  27.52 
 
 		 708 aa  183  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  28.48 
 
 		 623 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  27.62 
 
 		 709 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  30.91 
 
 		 692 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  29.24 
 
 		 687 aa  181  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  29.49 
 
 		 677 aa  179  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  28.55 
 
 		 714 aa  178  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  28.73 
 
 		 759 aa  177  5e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  28.55 
 
 		 709 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  28.4 
 
 		 712 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  28.62 
 
 		 687 aa  174  5.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  28.64 
 
 		 717 aa  173  9e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  27.42 
 
 		 726 aa  173  9e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  27.94 
 
 		 706 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  28.29 
 
 		 708 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  27.94 
 
 		 706 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  26.56 
 
 		 713 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  28.29 
 
 		 703 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  29.21 
 
 		 654 aa  171  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  28.29 
 
 		 714 aa  169  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  27.98 
 
 		 716 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  29.48 
 
 		 662 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  28.93 
 
 		 713 aa  166  9e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  26.71 
 
 		 711 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  28.36 
 
 		 694 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  27.61 
 
 		 703 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  28.48 
 
 		 662 aa  162  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  28.49 
 
 		 685 aa  162  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  26.76 
 
 		 706 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  27.64 
 
 		 694 aa  160  6e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  27.34 
 
 		 717 aa  154  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  26.17 
 
 		 696 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  27.6 
 
 		 528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  27.39 
 
 		 714 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  27.72 
 
 		 577 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  27.16 
 
 		 582 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  27.92 
 
 		 546 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  25.83 
 
 		 723 aa  126  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  28.97 
 
 		 607 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  32.72 
 
 		 690 aa  119  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  27.34 
 
 		 536 aa  118  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  29.04 
 
 		 606 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  24.72 
 
 		 623 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  28.45 
 
 		 603 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  26.76 
 
 		 577 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  26.37 
 
 		 624 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  28.36 
 
 		 603 aa  112  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  27.63 
 
 		 660 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  26.09 
 
 		 624 aa  111  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  26.8 
 
 		 660 aa  110  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  24.82 
 
 		 626 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  24.82 
 
 		 626 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  24.82 
 
 		 626 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  23.99 
 
 		 624 aa  107  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  26.49 
 
 		 624 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3852  hypothetical protein  29.49 
 
 		 560 aa  105  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.921055  normal  0.646797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  36.13 
 
 		 389 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  28.7 
 
 		 729 aa  99.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4969  ParB-like nuclease  28.19 
 
 		 295 aa  97.8  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.522723 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  34.52 
 
 		 597 aa  94.4  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  33.8 
 
 		 485 aa  93.2  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  30.86 
 
 		 595 aa  92  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>