More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4015 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  100 
 
 
660 aa  1336    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  91.52 
 
 
660 aa  1187    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  28.88 
 
 
690 aa  166  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  31.36 
 
 
636 aa  163  7e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  28.63 
 
 
726 aa  159  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  27.34 
 
 
624 aa  152  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  26.76 
 
 
626 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  26.76 
 
 
626 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  26.76 
 
 
626 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  26.78 
 
 
624 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  27.86 
 
 
624 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  26.97 
 
 
729 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  30.98 
 
 
645 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  28.19 
 
 
662 aa  144  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  30.17 
 
 
684 aa  144  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  30.73 
 
 
684 aa  144  7e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  28.03 
 
 
624 aa  144  8e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  30.7 
 
 
667 aa  143  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  29.98 
 
 
690 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  33.59 
 
 
615 aa  142  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  28.94 
 
 
714 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  27.46 
 
 
714 aa  141  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  26.8 
 
 
669 aa  140  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  29.77 
 
 
683 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  30.98 
 
 
717 aa  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  29.2 
 
 
688 aa  140  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  30.45 
 
 
683 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  29.2 
 
 
688 aa  140  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  31.76 
 
 
709 aa  139  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  28.83 
 
 
682 aa  137  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  27.62 
 
 
662 aa  137  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  26.41 
 
 
711 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  26.01 
 
 
706 aa  137  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  28.54 
 
 
658 aa  136  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  27.47 
 
 
712 aa  136  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4220  ParB-like nuclease  69.66 
 
 
326 aa  134  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.95609  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  25.3 
 
 
706 aa  134  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  26.45 
 
 
715 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  25.3 
 
 
706 aa  134  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  28.16 
 
 
708 aa  134  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  29.98 
 
 
694 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  29.85 
 
 
740 aa  133  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  28.34 
 
 
703 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  28.83 
 
 
694 aa  133  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  30.35 
 
 
708 aa  133  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  32.1 
 
 
681 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  28.66 
 
 
709 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  28.53 
 
 
680 aa  131  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  29.66 
 
 
623 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  30 
 
 
734 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  27.88 
 
 
677 aa  129  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  29.24 
 
 
716 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  28.24 
 
 
687 aa  127  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  29.26 
 
 
679 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  28.36 
 
 
689 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  29.05 
 
 
696 aa  124  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  26.73 
 
 
654 aa  124  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  28.17 
 
 
714 aa  123  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  31.57 
 
 
687 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  27.43 
 
 
765 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  27.84 
 
 
723 aa  121  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  31.22 
 
 
654 aa  120  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  28.39 
 
 
685 aa  120  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  28.15 
 
 
703 aa  120  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  28.69 
 
 
717 aa  120  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  29.17 
 
 
713 aa  119  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  29.61 
 
 
754 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  26.38 
 
 
652 aa  118  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  30.35 
 
 
692 aa  118  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  29.25 
 
 
713 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  27.53 
 
 
687 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  28.47 
 
 
679 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  27.24 
 
 
703 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  27.46 
 
 
652 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  29.47 
 
 
654 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  26.39 
 
 
759 aa  112  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  28.63 
 
 
687 aa  110  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  26.65 
 
 
623 aa  110  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  29.9 
 
 
709 aa  110  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  30.51 
 
 
380 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  29.58 
 
 
595 aa  107  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  29.98 
 
 
694 aa  104  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  30 
 
 
687 aa  101  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  30.87 
 
 
582 aa  99.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  27.83 
 
 
727 aa  97.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  26.29 
 
 
528 aa  92.8  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  27.43 
 
 
603 aa  92.8  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  27.47 
 
 
603 aa  90.1  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  33.33 
 
 
485 aa  87.8  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  30.57 
 
 
577 aa  87  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  32.64 
 
 
606 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  32.64 
 
 
607 aa  86.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  23.63 
 
 
751 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  32.64 
 
 
389 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  27.95 
 
 
670 aa  82.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  25.83 
 
 
577 aa  81.6  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  31.73 
 
 
597 aa  80.5  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2011  nuclease  27.92 
 
 
608 aa  79  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.810244  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  27.34 
 
 
546 aa  77.8  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3852  hypothetical protein  26.41 
 
 
560 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.921055  normal  0.646797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>