190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1642 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  100 
 
 		 623 aa  1284    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  39.21 
 
 		 606 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  39.41 
 
 		 607 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  39.77 
 
 		 603 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  38.92 
 
 		 603 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3852  hypothetical protein  38.19 
 
 		 560 aa  306  7e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.921055  normal  0.646797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  40.11 
 
 		 389 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  26.48 
 
 		 690 aa  149  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  30.53 
 
 		 708 aa  145  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  30.02 
 
 		 714 aa  144  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  31.93 
 
 		 714 aa  144  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  31.59 
 
 		 712 aa  143  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  30.83 
 
 		 717 aa  140  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  26.15 
 
 		 669 aa  140  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  29.76 
 
 		 706 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  29.76 
 
 		 706 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  29.22 
 
 		 734 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  30.66 
 
 		 703 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  31.01 
 
 		 714 aa  137  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  31.62 
 
 		 694 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  26.26 
 
 		 624 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  26 
 
 		 615 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  30.45 
 
 		 709 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  26.74 
 
 		 624 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  30.45 
 
 		 708 aa  133  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  26.17 
 
 		 662 aa  133  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  26.97 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  29.97 
 
 		 703 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  26.97 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  26.97 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  26.75 
 
 		 662 aa  131  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  28.8 
 
 		 759 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  27.68 
 
 		 624 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  25.83 
 
 		 624 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  28.03 
 
 		 716 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  27.72 
 
 		 685 aa  127  7e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  31.17 
 
 		 687 aa  126  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  30.85 
 
 		 709 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  28.43 
 
 		 723 aa  126  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  27.34 
 
 		 711 aa  124  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  30.05 
 
 		 703 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  30.86 
 
 		 696 aa  124  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  32.87 
 
 		 690 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  24.61 
 
 		 652 aa  121  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  31.59 
 
 		 687 aa  120  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  27.42 
 
 		 713 aa  120  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  25.62 
 
 		 740 aa  120  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  24.39 
 
 		 715 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  32.53 
 
 		 683 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  26.54 
 
 		 670 aa  117  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  25.04 
 
 		 654 aa  117  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  28.07 
 
 		 645 aa  117  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  33.33 
 
 		 684 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  30.45 
 
 		 687 aa  117  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  29.69 
 
 		 636 aa  115  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  24.21 
 
 		 654 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  23.75 
 
 		 751 aa  113  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  26.73 
 
 		 667 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  33.71 
 
 		 684 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  33.02 
 
 		 694 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  28.24 
 
 		 682 aa  112  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  29.12 
 
 		 681 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  31.01 
 
 		 582 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  23.75 
 
 		 726 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  33.93 
 
 		 688 aa  111  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  33.93 
 
 		 688 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  24.05 
 
 		 652 aa  111  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  35.82 
 
 		 687 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  28.01 
 
 		 717 aa  108  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  35.11 
 
 		 679 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  27.38 
 
 		 683 aa  105  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  28.97 
 
 		 765 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  26.86 
 
 		 654 aa  102  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  32.16 
 
 		 660 aa  102  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  28.43 
 
 		 706 aa  101  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  26 
 
 		 713 aa  101  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  32.28 
 
 		 754 aa  101  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  33.68 
 
 		 660 aa  100  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  32.03 
 
 		 687 aa  100  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  32.38 
 
 		 680 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  28.91 
 
 		 677 aa  100  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  30.6 
 
 		 577 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  27.88 
 
 		 595 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  28.96 
 
 		 729 aa  96.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  29.53 
 
 		 369 aa  95.9  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  30.62 
 
 		 577 aa  94.7  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  29.97 
 
 		 694 aa  94  8e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  27.14 
 
 		 679 aa  93.2  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  25.34 
 
 		 623 aa  92.8  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  29.82 
 
 		 709 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  27.41 
 
 		 727 aa  92  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  32.28 
 
 		 689 aa  89.7  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  33.1 
 
 		 692 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  24.02 
 
 		 658 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  34.04 
 
 		 597 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  30.32 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  31.05 
 
 		 536 aa  79  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  29.45 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3544  parB-like partition protein  32.86 
 
 		 490 aa  73.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000335844  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  27.47 
 
 		 546 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>