More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4994 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_4994  ParB domain protein nuclease  100 
 
 		 380 aa  774    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00893638  normal  0.0336784 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5399  ParB domain protein nuclease  90.45 
 
 		 623 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.883883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  45.03 
 
 		 681 aa  260  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  44.08 
 
 		 683 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  43.8 
 
 		 690 aa  250  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  43.92 
 
 		 682 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  43.25 
 
 		 684 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  43.25 
 
 		 684 aa  232  8.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  39.73 
 
 		 658 aa  231  2e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  45.89 
 
 		 687 aa  230  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  43.13 
 
 		 683 aa  229  8e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  41.48 
 
 		 688 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  41.48 
 
 		 688 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  43.89 
 
 		 679 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  45.57 
 
 		 680 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  43.26 
 
 		 689 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  43.85 
 
 		 687 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  40.39 
 
 		 636 aa  218  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  43.42 
 
 		 692 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  44.27 
 
 		 679 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  43.27 
 
 		 597 aa  202  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  43.07 
 
 		 615 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  35.11 
 
 		 740 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  42.01 
 
 		 645 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  38.35 
 
 		 667 aa  192  6e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  37.24 
 
 		 711 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2572  ParB family protein  35.47 
 
 		 765 aa  186  4e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.306816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  37.82 
 
 		 677 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  38.83 
 
 		 662 aa  182  9.000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  38.97 
 
 		 703 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  37.85 
 
 		 717 aa  180  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  36.89 
 
 		 709 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  36.71 
 
 		 715 aa  179  9e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  39.2 
 
 		 708 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0477  putative ParB-like nuclease  35.41 
 
 		 754 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.487335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  38.51 
 
 		 662 aa  176  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  42.27 
 
 		 709 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  38.86 
 
 		 734 aa  176  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  39.8 
 
 		 706 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  38.64 
 
 		 713 aa  171  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  37.46 
 
 		 714 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  37.2 
 
 		 714 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  36.81 
 
 		 703 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1781  putative plasmid stabilization protein  35.28 
 
 		 727 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.901173 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  37.57 
 
 		 714 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  42.51 
 
 		 703 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  38.04 
 
 		 694 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  38.11 
 
 		 712 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  37.99 
 
 		 685 aa  167  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  37.94 
 
 		 713 aa  167  4e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  36.73 
 
 		 706 aa  165  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  36.73 
 
 		 706 aa  165  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  42.44 
 
 		 694 aa  164  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  38.89 
 
 		 654 aa  159  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  37.59 
 
 		 726 aa  159  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  34.97 
 
 		 696 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4477  ParB domain protein nuclease  35.71 
 
 		 624 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000629481  normal  0.555503 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4525  ParB domain protein nuclease  35.71 
 
 		 624 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00810942  normal  0.619487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  35.65 
 
 		 709 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  36.3 
 
 		 694 aa  153  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  36.57 
 
 		 717 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  39.26 
 
 		 687 aa  149  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  40 
 
 		 687 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  39.26 
 
 		 687 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  35.26 
 
 		 708 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4410  ParB domain protein nuclease  35.64 
 
 		 626 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.902867 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4600  nuclease  35.64 
 
 		 626 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000283413  normal  0.96805 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4417  nuclease  35.64 
 
 		 626 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000853947  decreased coverage  0.00344778 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0031  ParB family partitioning protein  35.37 
 
 		 624 aa  146  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.264156  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4579  nuclease  31.15 
 
 		 624 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0158793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  37.37 
 
 		 759 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  32.58 
 
 		 751 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4015  parB-like partition protein  33.89 
 
 		 660 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  43.96 
 
 		 577 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  33.21 
 
 		 690 aa  134  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3733  parB-like partition protein  34.73 
 
 		 660 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  33.82 
 
 		 669 aa  130  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  31.84 
 
 		 716 aa  126  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  41.95 
 
 		 577 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4273  nuclease  30.66 
 
 		 670 aa  119  9e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  35.76 
 
 		 723 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0054  ParB-like partition protein  34.51 
 
 		 654 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.737762 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  33.45 
 
 		 652 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0053  ParB-like partition protein  34.4 
 
 		 652 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172926  hitchhiker  0.000557548 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5262  ParB family protein  28.65 
 
 		 729 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  32.63 
 
 		 654 aa  112  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  35.53 
 
 		 603 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  37.39 
 
 		 582 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  35.9 
 
 		 389 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  35.77 
 
 		 606 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  35.16 
 
 		 603 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  35.16 
 
 		 607 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0625  ParB-like nuclease  34.5 
 
 		 485 aa  104  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  40.41 
 
 		 528 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1642  ParB-like nuclease  31.39 
 
 		 623 aa  97.8  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1816  parB-like partition protein  29.59 
 
 		 576 aa  96.3  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.357609  normal  0.915413 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  35.75 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5200  nuclease  34.39 
 
 		 595 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3852  hypothetical protein  36.55 
 
 		 560 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.921055  normal  0.646797 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  32.95 
 
 		 785 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>