More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0004 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  100 
 
 
371 aa  757  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.53 
 
 
376 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  41.26 
 
 
375 aa  276  4e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  40.98 
 
 
375 aa  275  8e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  41.53 
 
 
375 aa  275  9e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  40.98 
 
 
375 aa  275  1e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  2e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  2e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  2e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  40.71 
 
 
375 aa  273  3e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  40.22 
 
 
370 aa  272  7e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  40.22 
 
 
370 aa  272  7e-72  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  39.84 
 
 
374 aa  272  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  40.76 
 
 
373 aa  271  1e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  40.65 
 
 
372 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  40.7 
 
 
371 aa  265  7e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 
360 aa  263  4e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  40.43 
 
 
375 aa  251  1e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  40.49 
 
 
369 aa  251  1e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  38.34 
 
 
374 aa  246  4e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.04 
 
 
373 aa  246  5e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  37.4 
 
 
374 aa  242  6e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.93 
 
 
386 aa  241  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  37.37 
 
 
374 aa  240  3e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.28 
 
 
360 aa  234  1e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 
371 aa  225  8e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  36.26 
 
 
361 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  36.26 
 
 
361 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  38.84 
 
 
369 aa  223  3e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  36.81 
 
 
371 aa  219  5e-56  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.55 
 
 
392 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  36.81 
 
 
370 aa  216  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  37.39 
 
 
359 aa  215  1e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.29 
 
 
365 aa  214  2e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  37.97 
 
 
366 aa  211  2e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.88 
 
 
377 aa  208  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.05 
 
 
390 aa  204  3e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  34.27 
 
 
398 aa  202  1e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.49 
 
 
372 aa  200  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  40.52 
 
 
376 aa  198  1e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  37.93 
 
 
362 aa  197  2e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  36.36 
 
 
384 aa  196  6e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  34.66 
 
 
364 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
379 aa  193  4e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  30.33 
 
 
390 aa  193  5e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.36 
 
 
358 aa  191  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.89 
 
 
370 aa  190  3e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
359 aa  190  4e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  33.25 
 
 
377 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  35.66 
 
 
390 aa  188  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.44 
 
 
381 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  33.06 
 
 
371 aa  188  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  32.96 
 
 
380 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  32.96 
 
 
380 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  32.96 
 
 
380 aa  187  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.29 
 
 
414 aa  186  7e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.83 
 
 
401 aa  184  2e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  37.28 
 
 
380 aa  184  2e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  37.28 
 
 
380 aa  184  2e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.64 
 
 
382 aa  182  6e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.39 
 
 
374 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.44 
 
 
394 aa  182  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.43 
 
 
380 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  34.38 
 
 
364 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  29.97 
 
 
402 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.67 
 
 
390 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.43 
 
 
362 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 
370 aa  179  5e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  33.43 
 
 
371 aa  179  6e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  33.06 
 
 
386 aa  179  7e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  29.12 
 
 
414 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  31.84 
 
 
389 aa  177  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  35.23 
 
 
386 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.47 
 
 
363 aa  177  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36.66 
 
 
387 aa  177  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  30.31 
 
 
399 aa  176  7e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 
387 aa  176  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.69 
 
 
398 aa  176  8e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.53 
 
 
364 aa  176  8e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.95 
 
 
397 aa  175  1e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  31.56 
 
 
378 aa  175  1e-42  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.25 
 
 
363 aa  175  1e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  32.43 
 
 
347 aa  174  2e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.61 
 
 
363 aa  174  2e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 
397 aa  174  3e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  32.47 
 
 
369 aa  174  3e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  30.41 
 
 
377 aa  174  3e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.89 
 
 
365 aa  172  8e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  32.02 
 
 
385 aa  172  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
391 aa  171  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.2 
 
 
365 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  32.44 
 
 
357 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.08 
 
 
401 aa  170  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  33.14 
 
 
365 aa  170  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  35.09 
 
 
352 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
376 aa  169  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  32.09 
 
 
365 aa  169  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.81 
 
 
369 aa  168  1e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>