More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_492 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0552  DNA primase  95.42 
 
 
590 aa  1169  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_492  DNA primase  100 
 
 
590 aa  1223  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0123236  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  91.19 
 
 
588 aa  1114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0014  DNA primase  41.18 
 
 
645 aa  355  1e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0081672  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0315  DNA primase  39.55 
 
 
655 aa  343  4e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0256  DNA primase  37.98 
 
 
652 aa  341  2e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230248  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0288  DNA primase  35.07 
 
 
651 aa  340  3e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.375271  normal  0.0229545 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1835  DNA primase  34.2 
 
 
623 aa  327  4e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  38.41 
 
 
600 aa  320  5e-86  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  32.91 
 
 
604 aa  317  3e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  38.81 
 
 
605 aa  311  3e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  33.9 
 
 
626 aa  310  4e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  37.79 
 
 
604 aa  309  1e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  36.77 
 
 
595 aa  308  2e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  37.99 
 
 
599 aa  305  2e-81  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  38.52 
 
 
599 aa  300  5e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  36.97 
 
 
595 aa  296  7e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  36.73 
 
 
595 aa  295  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  38.55 
 
 
614 aa  294  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.25747e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  32.19 
 
 
617 aa  291  2e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  40.21 
 
 
599 aa  290  4e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  34.92 
 
 
593 aa  290  7e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  35.81 
 
 
598 aa  288  3e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  32.2 
 
 
601 aa  284  4e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  38.55 
 
 
611 aa  283  4e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  35.97 
 
 
564 aa  282  1e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  33.61 
 
 
588 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  33.26 
 
 
598 aa  280  5e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  33.62 
 
 
583 aa  280  7e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  33.72 
 
 
571 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  2.15576e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  33.99 
 
 
601 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  277  4e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  276  8e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  276  8e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  276  8e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  9.94887e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  276  8e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  33.49 
 
 
598 aa  276  8e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3106  DNA primase  37.29 
 
 
641 aa  275  1e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2268  DNA primase  34.64 
 
 
587 aa  274  3e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  35 
 
 
587 aa  273  5e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  33.18 
 
 
598 aa  273  6e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  33.18 
 
 
598 aa  273  6e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.25124e-06  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  33.49 
 
 
600 aa  273  7e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  33.78 
 
 
582 aa  272  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  35.61 
 
 
544 aa  272  1e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.06361e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  33.87 
 
 
613 aa  271  3e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  33.26 
 
 
588 aa  271  3e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  39.34 
 
 
577 aa  270  5e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6392  DNA primase  35.17 
 
 
605 aa  270  7e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  30.41 
 
 
614 aa  270  8e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  31.84 
 
 
623 aa  268  3e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3785  DNA primase  34.67 
 
 
646 aa  268  3e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3836  DNA primase  34.67 
 
 
646 aa  268  3e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0564656  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  31.57 
 
 
655 aa  267  5e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  4.51849e-05 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  34.65 
 
 
604 aa  266  6e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  34.83 
 
 
584 aa  265  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  36.3 
 
 
684 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  31.35 
 
 
601 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1716  DNA primase  34.62 
 
 
626 aa  260  6e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1910  DNA primase  41.12 
 
 
587 aa  259  7e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.351058  normal  0.0156727 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0271  DNA primase  36.67 
 
 
675 aa  259  9e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.59752  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  32.24 
 
 
587 aa  259  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  35.09 
 
 
592 aa  259  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0866  DNA primase  33.26 
 
 
656 aa  259  1e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  36.25 
 
 
651 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  33.95 
 
 
574 aa  257  3e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  33.91 
 
 
577 aa  258  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  35.63 
 
 
619 aa  256  6e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09211  DNA primase  32.51 
 
 
677 aa  256  7e-67  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  36.25 
 
 
652 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  33.41 
 
 
660 aa  256  8e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  33.41 
 
 
676 aa  255  2e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10221  DNA primase  33.88 
 
 
678 aa  255  2e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.081725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09191  DNA primase  32.51 
 
 
677 aa  255  2e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0860  DNA primase  32.28 
 
 
677 aa  254  2e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.262059  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1681  DNA primase  38.11 
 
 
592 aa  255  2e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.10447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  35.46 
 
 
638 aa  255  2e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  34.19 
 
 
594 aa  254  3e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  2.2434e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  4.92318e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  34.91 
 
 
660 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.06976e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  31.2 
 
 
578 aa  254  3e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  33.56 
 
 
581 aa  254  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.61356e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  34.83 
 
 
655 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  36.9 
 
 
631 aa  254  4e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  31.75 
 
 
585 aa  254  4e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  35.17 
 
 
663 aa  253  6e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0093  DNA primase  36.19 
 
 
653 aa  253  6e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.244748  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06330  DNA primase  32.39 
 
 
636 aa  253  7e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  32.74 
 
 
581 aa  252  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.65097e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  36.38 
 
 
686 aa  253  1e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  35.28 
 
 
656 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  34.67 
 
 
660 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  35.64 
 
 
641 aa  252  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  33.33 
 
 
581 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.72934e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  34.67 
 
 
660 aa  252  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  31.67 
 
 
624 aa  252  2e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>