More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3468 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
420 aa  877    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1224  methyltransferase type 11  31.1 
 
 
206 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1198  SAM-dependent methyltransferase  30.95 
 
 
206 aa  110  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0164  UbiE/COQ5 family methlytransferase  29.7 
 
 
207 aa  104  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2029  ArsR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
337 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308683  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2245  Methyltransferase type 11  26.54 
 
 
212 aa  103  8e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.810534 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0168  UbiE/COQ5 family methlytransferase  28.22 
 
 
207 aa  99.4  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2400  methyltransferase type 11  31.72 
 
 
330 aa  99  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00744372 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1722  methyltransferase type 11  32.02 
 
 
341 aa  94.4  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4364  ArsR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
327 aa  94  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0368446  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0039  ArsR family transcriptional regulator  28.25 
 
 
309 aa  94.4  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.59 
 
 
203 aa  93.2  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2830  methyltransferase type 11  29.24 
 
 
349 aa  93.2  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.157878 
 
 
-
 
NC_004310  BR1451  ArsR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
341 aa  92.8  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3543  transcriptional regulator, ArsR family  30.54 
 
 
335 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1407  ArsR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
341 aa  92.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4920  transcriptional regulator, ArsR family  28.57 
 
 
328 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1121  ArsR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
340 aa  92.8  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3006  methyltransferase type 11  27.37 
 
 
305 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2125  ArsR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
339 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.458145 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.99 
 
 
195 aa  90.9  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3135  ArsR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
348 aa  90.5  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3434  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
250 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.77 
 
 
218 aa  89.7  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2348  methyltransferase type 11  30.32 
 
 
307 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0100199  normal  0.0140968 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.74 
 
 
206 aa  89.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0357  transcriptional regulator, ArsR family  26.34 
 
 
310 aa  89  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366158  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2101  ArsR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
317 aa  88.6  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1640  transcriptional regulator, ArsR family  26.78 
 
 
342 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0976  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
202 aa  87  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1599  methyltransferase type 11  26.78 
 
 
349 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.318356  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.96 
 
 
184 aa  86.7  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1880  transcriptional regulator, ArsR family  26.78 
 
 
354 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.265795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4005  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.1 
 
 
187 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2302  transcriptional regulator, ArsR family  29.61 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1805  RNA polymerase sigma factor SigX  33.33 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.743357 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1345  transcriptional regulator, ArsR family  25.68 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.773476  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2939  transcriptional regulator, ArsR family  26.2 
 
 
307 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  34.12 
 
 
200 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1067  transcriptional regulator, ArsR family  24.91 
 
 
305 aa  82.4  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.420275 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0854  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.12 
 
 
175 aa  82  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0132  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.76 
 
 
194 aa  82.4  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000156135  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2579  transcriptional regulator, ArsR family  28.57 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4966  ArsR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4839  ArsR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.76 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0808  transcriptional regulator, ArsR family  32.6 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.203378 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2137  sigma-24 (FecI-like)  32.35 
 
 
177 aa  80.1  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4035  ArsR family transcriptional regulator  25.95 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0455  ArsR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
334 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
223 aa  79  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5015  ArsR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
330 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.1667 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.74 
 
 
197 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07110  ArsR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.43 
 
 
198 aa  78.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.48 
 
 
198 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2981  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.68 
 
 
206 aa  78.6  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000395274  normal  0.05783 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.74 
 
 
200 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5268  ArsR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.149036  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.01 
 
 
193 aa  78.2  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.25 
 
 
201 aa  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  28.98 
 
 
213 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
247 aa  77.8  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0650  putative transcriptional regulator  31.34 
 
 
329 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.75 
 
 
191 aa  77  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0597  RNA polymerase sigma factor  29.89 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.7 
 
 
198 aa  76.6  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2926  transcriptional regulator ArsR family  27.03 
 
 
341 aa  75.9  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.05 
 
 
191 aa  75.9  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.37 
 
 
176 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0356  ArsR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
304 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.208931  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
193 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.12 
 
 
193 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0903  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
234 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.255496  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0229  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
204 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0753334  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2879  transcriptional regulator, ArsR family  28.09 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  34.18 
 
 
181 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
211 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
194 aa  75.5  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  29.38 
 
 
211 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.75 
 
 
187 aa  75.5  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1826  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.06 
 
 
235 aa  75.5  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.184258  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  35.22 
 
 
181 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
180 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.27 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.13 
 
 
193 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  32.93 
 
 
181 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.26 
 
 
200 aa  74.7  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2613  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.33 
 
 
192 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.6855  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05540  ArsR family regulatory protein  26.96 
 
 
336 aa  74.7  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.18 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.64 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0228  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.37 
 
 
173 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.64 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>