More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4966 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4966  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  659    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4839  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 330 aa  659    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5015  ArsR family transcriptional regulator  97.27 
 
 		 330 aa  642    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0500  ArsR family transcriptional regulator  91.52 
 
 		 330 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5268  ArsR family transcriptional regulator  78.55 
 
 		 331 aa  513  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.149036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4793  regulatory protein, ArsR  76.44 
 
 		 331 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0119403 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0384  transcriptional regulator, ArsR family  75.83 
 
 		 331 aa  487  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07110  ArsR family transcriptional regulator  74.77 
 
 		 333 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0650  putative transcriptional regulator  75.31 
 
 		 329 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05540  ArsR family regulatory protein  69.88 
 
 		 336 aa  445  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0455  ArsR family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 334 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0471  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 335 aa  293  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.421006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3041  methyltransferase type 11  48.17 
 
 		 333 aa  288  9e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3006  methyltransferase type 11  37.41 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0357  transcriptional regulator, ArsR family  34.88 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366158  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2939  transcriptional regulator, ArsR family  34.59 
 
 		 307 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1345  transcriptional regulator, ArsR family  34.59 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.773476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0039  ArsR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1925  SAM-dependent methyltransferase  35.54 
 
 		 306 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000216904  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2302  transcriptional regulator, ArsR family  32.23 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2348  methyltransferase type 11  31.7 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0100199  normal  0.0140968 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2125  ArsR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.458145 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3135  ArsR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1640  transcriptional regulator, ArsR family  32.79 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4364  ArsR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0368446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1599  methyltransferase type 11  32.06 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.318356  normal  0.150084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1880  transcriptional regulator, ArsR family  32.67 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.265795 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1067  transcriptional regulator, ArsR family  31.72 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.420275 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4920  transcriptional regulator, ArsR family  32.41 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2579  transcriptional regulator, ArsR family  31.85 
 
 		 312 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0040  transcriptional regulator, ArsR family  31.69 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.516661  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3410  ArsR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0187563  normal  0.0416707 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4035  ArsR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0356  ArsR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.208931  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2830  methyltransferase type 11  33.67 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.157878 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0808  transcriptional regulator, ArsR family  29.45 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.203378 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2029  ArsR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308683  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2305  transcriptional regulator, ArsR family  30.34 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2400  methyltransferase type 11  31.99 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00744372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2101  ArsR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3543  transcriptional regulator, ArsR family  32.2 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.304877 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2879  transcriptional regulator, ArsR family  28.23 
 
 		 341 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2619  transcriptional regulator, ArsR family  27.55 
 
 		 341 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1121  ArsR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 340 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.488187 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1722  methyltransferase type 11  27.67 
 
 		 341 aa  86.3  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1451  ArsR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2926  transcriptional regulator ArsR family  29.62 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276584  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1407  ArsR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.440659  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1529  ArsR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0034  ArsR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0629975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2402  ArsR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0168  UbiE/COQ5 family methlytransferase  29.05 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.36 
 
 		 420 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0164  UbiE/COQ5 family methlytransferase  29.05 
 
 		 207 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0160  methyltransferase type 11  31.77 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0747842 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2245  Methyltransferase type 11  37.59 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.810534 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3209  ArsR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1224  methyltransferase type 11  29.61 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1198  SAM-dependent methyltransferase  31.62 
 
 		 206 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2116  methyltransferase type 11  25.76 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126777 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0162  transcriptional regulator, ArsR family  31.8 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2610  transcriptional regulator, ArsR family  28.76 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.184924 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0744  methyltransferase type 11  31.54 
 
 		 256 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0155  ArsR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 326 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602788  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0173  transcriptional regulator, ArsR family  31.58 
 
 		 326 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01234  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250381  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3293  Methyltransferase type 11  31.97 
 
 		 257 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0432  ArsR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 124 aa  62.4  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.35069  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2082  Methyltransferase type 11  38.74 
 
 		 265 aa  62.4  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0250363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0559  regulatory protein, ArsR  44.78 
 
 		 123 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0567484  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0772  Methyltransferase type 11  30.46 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1613  regulatory protein ArsR  41.46 
 
 		 124 aa  60.5  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1275  regulatory protein, ArsR  41.46 
 
 		 124 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0149892  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0236  transcriptional regulator, ArsR family  39.19 
 
 		 120 aa  60.1  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000016781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 101 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1827  transcriptional regulator, ArsR family  38.57 
 
 		 93 aa  58.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0825  Methyltransferase type 12  25.97 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1749  methyltransferase type 12  30.86 
 
 		 215 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.110719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0662  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0563  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0505  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0507  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1741  transcriptional regulator, ArsR family  37.14 
 
 		 119 aa  57  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.953205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0594  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0651  transcriptional regulator, ArsR family  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000016978 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4705  transcriptional regulator, ArsR family  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.22146 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0633  transcriptional regulator, ArsR family  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0722  transcriptional regulator, ArsR family  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5589  Methyltransferase type 11  38.1 
 
 		 275 aa  57  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.442261 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0511  regulatory protein ArsR  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1161  regulatory protein, ArsR  34.52 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.358448  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3815  methyltransferase type 11  31.85 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.577541  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1265  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0245  ArsR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 125 aa  57  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1232  ArsR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0509  ArsR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 125 aa  57  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2588  putative cadmium resistance transcriptional regulator CadC  41.54 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0254  Methyltransferase type 11  35.71 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1168  Methyltransferase type 11  38.94 
 
 		 267 aa  56.2  0.0000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1658  regulatory protein, ArsR  41.67 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.214352  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>