More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2912 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2912  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 485 aa  1003    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.784119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 470 aa  327  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2235  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.01 
 
 		 473 aa  325  1e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.71743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4302  GntR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 521 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7471  GntR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 449 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.91 
 
 		 472 aa  303  6.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 478 aa  299  6e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 480 aa  290  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0573  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 470 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1922  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 470 aa  286  7e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0559  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.32 
 
 		 508 aa  285  1.0000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 496 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 498 aa  280  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3314  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.4 
 
 		 494 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1191  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.55 
 
 		 489 aa  266  5e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419241  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3547  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.12 
 
 		 477 aa  266  8e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224357  normal  0.0204741 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3187  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 487 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.685376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0047  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.79 
 
 		 482 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493151  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0043  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 492 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0059  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.73 
 
 		 487 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.869186  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 503 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2637  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.1 
 
 		 493 aa  241  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2755  putative transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 456 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.243959 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1025  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 499 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.684124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4437  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4623  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.77 
 
 		 489 aa  227  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.609617  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3373  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 484 aa  220  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.98747  normal  0.499869 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 509 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 501 aa  200  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4822  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 496 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.364543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 508 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 490 aa  196  9e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 509 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.48 
 
 		 488 aa  195  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 508 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.05 
 
 		 485 aa  194  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  28.63 
 
 		 485 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  28.04 
 
 		 520 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 492 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 490 aa  190  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.38 
 
 		 488 aa  190  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 517 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  30.57 
 
 		 509 aa  188  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 490 aa  186  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 475 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.42 
 
 		 497 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0071  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 496 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  28.54 
 
 		 508 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3272  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 493 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.831292 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 504 aa  183  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  28.16 
 
 		 475 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  28.97 
 
 		 508 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  30.63 
 
 		 497 aa  182  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4121  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 493 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.648363  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.12 
 
 		 515 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4245  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 493 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0459012 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 491 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1916  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 500 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0044  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0157  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 486 aa  181  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3680  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.89 
 
 		 510 aa  181  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.22 
 
 		 495 aa  180  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5076  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.65 
 
 		 472 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 488 aa  179  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1766  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 495 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0178968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3667  GntR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 494 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.37 
 
 		 517 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 513 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.83 
 
 		 490 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5672  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 508 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 489 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3848  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 506 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0891  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 504 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  28.54 
 
 		 504 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 503 aa  177  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 501 aa  177  5e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 477 aa  177  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3840  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.97 
 
 		 499 aa  176  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  28.34 
 
 		 521 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 501 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.09 
 
 		 496 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 494 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 501 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 494 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1143  GntR family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 496 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 492 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  27.09 
 
 		 494 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 506 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 506 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 509 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1588  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 485 aa  174  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104897  hitchhiker  0.00377444 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  28.6 
 
 		 513 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 496 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0621  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 547 aa  174  5e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  29.74 
 
 		 502 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 502 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 502 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>