More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2303 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  100 
 
 
246 aa  498  1e-140  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  49.18 
 
 
247 aa  213  3e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  45.61 
 
 
245 aa  209  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.68 
 
 
249 aa  201  1e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.13 
 
 
250 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.13 
 
 
250 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.34 
 
 
245 aa  185  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.56 
 
 
257 aa  183  2e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  3.18733e-07  hitchhiker  1.51601e-05 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.11 
 
 
249 aa  178  7e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.15 
 
 
249 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  165  8e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.34 
 
 
263 aa  163  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.74 
 
 
249 aa  162  4e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  2.43025e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.56 
 
 
249 aa  162  5e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  162  6e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.59 
 
 
244 aa  161  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  160  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  4.83246e-05  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  35.5 
 
 
251 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.32 
 
 
249 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.46 
 
 
247 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
258 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.51 
 
 
260 aa  155  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  35.62 
 
 
245 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
250 aa  144  9e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
250 aa  144  9e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.36 
 
 
243 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  31.73 
 
 
249 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.78 
 
 
253 aa  142  5e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  34.93 
 
 
245 aa  141  8e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  1.39128e-07 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.39 
 
 
246 aa  141  1e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
249 aa  141  1e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  32.78 
 
 
242 aa  140  2e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.02 
 
 
251 aa  140  2e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.5 
 
 
247 aa  139  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  34.71 
 
 
244 aa  139  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  32.93 
 
 
245 aa  139  4e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  34.57 
 
 
248 aa  137  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  36.99 
 
 
243 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  31.47 
 
 
249 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.78 
 
 
247 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.74 
 
 
246 aa  136  3e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  36.41 
 
 
242 aa  135  6e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2763  hypothetical protein  31.05 
 
 
249 aa  135  7e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282244  normal  0.503271 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.59 
 
 
248 aa  135  8e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
251 aa  134  2e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3972  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 
243 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.06 
 
 
243 aa  132  4e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  36.22 
 
 
246 aa  132  7e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  8.68128e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  38.12 
 
 
240 aa  132  7e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  32.64 
 
 
248 aa  131  1e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  34.65 
 
 
249 aa  131  1e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  35.68 
 
 
242 aa  129  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.45 
 
 
239 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.5 
 
 
243 aa  129  4e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
255 aa  129  5e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.91 
 
 
243 aa  127  1e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
246 aa  127  1e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  34.14 
 
 
239 aa  127  1e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.1 
 
 
244 aa  127  1e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1548  protein of unknown function DUF558  40.57 
 
 
243 aa  127  2e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.06 
 
 
246 aa  127  2e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.25 
 
 
248 aa  127  2e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.79617e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
244 aa  127  2e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
244 aa  127  2e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
255 aa  127  2e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.35 
 
 
239 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  30.96 
 
 
244 aa  126  4e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.91 
 
 
260 aa  125  6e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
239 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
255 aa  125  8e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  30.86 
 
 
248 aa  125  8e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
239 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
239 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.16 
 
 
243 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
239 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  34.21 
 
 
236 aa  124  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
241 aa  123  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
239 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 
260 aa  123  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.42 
 
 
255 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.35 
 
 
244 aa  123  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.46224e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  30.77 
 
 
251 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
247 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.1 
 
 
251 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  29.87 
 
 
243 aa  123  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  31.93 
 
 
245 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  34.01 
 
 
235 aa  123  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  32.51 
 
 
244 aa  122  4e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.05 
 
 
247 aa  122  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  29.41 
 
 
245 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 
254 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.77 
 
 
239 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
243 aa  122  6e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
243 aa  122  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl303  hypothetical protein  36.82 
 
 
238 aa  122  6e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  7.40714e-31  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.37 
 
 
243 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>