More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1647 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 299 aa  609  1e-173  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.11 
 
 		 298 aa  241  9e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  39.33 
 
 		 301 aa  222  7e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.14 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  35.43 
 
 		 311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.47 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.88 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.13 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  33 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.68 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  31.58 
 
 		 230 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  31.58 
 
 		 230 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  31.58 
 
 		 230 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30 
 
 		 322 aa  112  5e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  27.13 
 
 		 327 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.88 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.78 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.83 
 
 		 321 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.76 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.79 
 
 		 321 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  32.06 
 
 		 230 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.52 
 
 		 232 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.3 
 
 		 321 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.95 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.05 
 
 		 232 aa  99  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.7 
 
 		 240 aa  98.2  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.37 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  27.62 
 
 		 232 aa  97.1  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.2 
 
 		 332 aa  96.3  5e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.38 
 
 		 230 aa  95.5  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.93 
 
 		 324 aa  95.5  9e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  30.35 
 
 		 327 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.75 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  27.83 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  26.03 
 
 		 326 aa  93.6  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  23.88 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 229 aa  93.2  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.73 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  30 
 
 		 226 aa  93.2  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 230 aa  93.2  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.3 
 
 		 318 aa  92.8  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.67 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.19 
 
 		 229 aa  92.4  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 333 aa  92.4  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.05 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  28.43 
 
 		 237 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  28.5 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  27.23 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  30.09 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.09 
 
 		 327 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 326 aa  89.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 132 aa  89  9e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.91 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 318 aa  88.2  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.23 
 
 		 177 aa  89  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  26.87 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  26.64 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.79 
 
 		 320 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 234 aa  88.2  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.41 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.31 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.1 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.84 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.82 
 
 		 235 aa  87.4  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  27.1 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.1 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.64 
 
 		 233 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.1 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.93 
 
 		 228 aa  86.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.89 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  26.71 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24 
 
 		 328 aa  85.9  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.64 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2821  hypothetical DNA-binding protein  26.69 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.184297  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.33 
 
 		 232 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.79 
 
 		 225 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.13 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.72 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  27.36 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.33 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.33 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.84 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.97 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.02 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.47 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.61 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.02 
 
 		 324 aa  83.2  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.41 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.8 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.83 
 
 		 317 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>