More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5405 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  100 
 
 		 293 aa  587  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  99.32 
 
 		 293 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  86.07 
 
 		 295 aa  497  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  73.29 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  72.92 
 
 		 295 aa  431  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  65.95 
 
 		 286 aa  383  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  64.64 
 
 		 286 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  64.29 
 
 		 286 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  59.3 
 
 		 293 aa  341  8e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  58.03 
 
 		 288 aa  294  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  42.59 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  47.78 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  47.37 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  45.45 
 
 		 282 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  42.86 
 
 		 274 aa  227  2e-58  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  41.13 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  48.05 
 
 		 301 aa  221  8e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0204  2,3-dimethylmalate lyase  44.06 
 
 		 325 aa  221  9e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  39.55 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  39.55 
 
 		 284 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  44.04 
 
 		 285 aa  219  5e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  39.18 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  41.2 
 
 		 289 aa  217  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  39.18 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  39.07 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  41.85 
 
 		 287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  48.39 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  45.23 
 
 		 287 aa  210  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  44.22 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  46.05 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  43.18 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  41.18 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.15 
 
 		 292 aa  205  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3861  2-methylisocitrate lyase  42.76 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  38.57 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  43.97 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3975  2-methylisocitrate lyase  42.76 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.583072 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  38.89 
 
 		 287 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  39.5 
 
 		 291 aa  203  2e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  41.05 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  42.98 
 
 		 296 aa  203  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0925  2-methylisocitrate lyase  42.11 
 
 		 292 aa  202  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  42.98 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0122  2-methylisocitrate lyase  42.38 
 
 		 298 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.528863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  45.04 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1122  2-methylisocitrate lyase  42.2 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  40.14 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  40.37 
 
 		 311 aa  199  6e-50  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  39.29 
 
 		 304 aa  198  7.999999999999999e-50  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  41.94 
 
 		 291 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  41.86 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  37.63 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  40.71 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3294  2-methylisocitrate lyase  38.83 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.203078 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  43.2 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  43.63 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0315  2-methylisocitrate lyase  43.65 
 
 		 292 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3825  2-methylisocitrate lyase  43.65 
 
 		 292 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  41.7 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  39.57 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2085  2-methylisocitrate lyase  42.01 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.36601  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  43.63 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2287  methylisocitrate lyase  41.41 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.298126  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3629  2-methylisocitrate lyase  43.65 
 
 		 292 aa  192  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  38.99 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23210  2-methylisocitrate lyase  44.75 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  38.63 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2189  2-methylisocitrate lyase  44.64 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1764  2-methylisocitrate lyase  41.61 
 
 		 296 aa  192  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0345  2-methylisocitrate lyase  43.65 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  42.55 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  37.89 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  44.21 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1808  2-methylisocitrate lyase  45.28 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.988873  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  41.02 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  39.06 
 
 		 293 aa  190  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  40.64 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  42.98 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  39.79 
 
 		 292 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4021  2-methylisocitrate lyase  43.25 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4722  2-methylisocitrate lyase  41.41 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  43.63 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4047  2-methylisocitrate lyase  43.25 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3945  2-methylisocitrate lyase  43.25 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53940  2-methylisocitrate lyase  41.41 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3496  methylisocitrate lyase  40.93 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.146967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3644  2-methylisocitrate lyase  43.25 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  44.18 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4140  2-methylisocitrate lyase  43.25 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1831  2-methylisocitrate lyase  42.8 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.464615 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  40.31 
 
 		 312 aa  188  8e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0408  2-methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000002587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0420  2-methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0232158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  40.73 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0400  2-methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0664462  hitchhiker  0.000000000169441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0402  2-methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2000  2-methylisocitrate lyase  41.7 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.440629  normal  0.42713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>