More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1887 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  81.27 
 
 		 319 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  64 
 
 		 306 aa  371  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  53.36 
 
 		 308 aa  279  6e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  52.1 
 
 		 309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 297 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  262  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 298 aa  258  8e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 323 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 325 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 301 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 295 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 300 aa  219  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 307 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 310 aa  202  9e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  38.72 
 
 		 319 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  38.08 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 278 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  39.26 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 317 aa  169  8e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 328 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.47 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 314 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  35.05 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.03 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.49 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.22 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>