More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5230 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  66.98 
 
 		 303 aa  300  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  61.79 
 
 		 301 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.38 
 
 		 322 aa  277  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 296 aa  260  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 296 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  61.32 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  57.55 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  54.25 
 
 		 307 aa  227  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 326 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 322 aa  223  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 324 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 324 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 307 aa  218  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 281 aa  201  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 		 273 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 316 aa  168  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 309 aa  158  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  41.31 
 
 		 312 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 312 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 312 aa  155  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  40.85 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 306 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 309 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 309 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 292 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 303 aa  90.5  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 318 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 318 aa  88.6  7e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 303 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 316 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 316 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 294 aa  85.9  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 292 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 294 aa  84.7  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  35.95 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  35.95 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  35.95 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  35.95 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  35.95 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  34.52 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  31.6 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.43 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 307 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 295 aa  82  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 310 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  33.77 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2877  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.76 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  29.23 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2339  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.111299  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.8 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  27.52 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.45 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  35.66 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 321 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  35.66 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 306 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.12 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.11 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>