More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3227 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 		 296 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  71.77 
 
 		 301 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  71.43 
 
 		 322 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  68.71 
 
 		 303 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 298 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  61.85 
 
 		 273 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  60.63 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 322 aa  292  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 305 aa  292  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 307 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 326 aa  278  9e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 212 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 281 aa  259  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 316 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  41.52 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  41.18 
 
 		 312 aa  219  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 309 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 321 aa  95.5  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 306 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 284 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  39.39 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  39.39 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 323 aa  89.4  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  39.39 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.15 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 328 aa  86.3  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 288 aa  85.5  9e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  26.87 
 
 		 294 aa  85.5  9e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 318 aa  85.5  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 288 aa  85.5  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  27.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.34 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.34 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  27.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.09 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  27.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  27.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  27.71 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.76 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  26.87 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.18 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.18 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.18 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.55 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>