More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3600 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 322 aa  652    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  97.34 
 
 		 301 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 296 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 296 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  66.33 
 
 		 303 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 298 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  66.05 
 
 		 273 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 303 aa  354  1e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 322 aa  292  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 305 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 324 aa  285  9e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 324 aa  285  9e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 212 aa  277  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 326 aa  268  1e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 281 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 309 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  41.05 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  40.35 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 292 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  39.52 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  39.52 
 
 		 302 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  39.52 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  27.53 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 283 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 293 aa  93.2  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.67 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 292 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 306 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.05 
 
 		 307 aa  90.5  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 283 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 310 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 307 aa  89.4  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.87 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 300 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.54 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 287 aa  87  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.29 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  24.91 
 
 		 331 aa  87  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3565  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.04 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 331 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 288 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 303 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>