More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1794 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  608  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  97.34 
 
 		 322 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  71.77 
 
 		 296 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  71.77 
 
 		 296 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  66.33 
 
 		 303 aa  391  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  64.97 
 
 		 298 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  66.42 
 
 		 273 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 303 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 322 aa  296  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 324 aa  288  6e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 324 aa  288  6e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 212 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  52.57 
 
 		 326 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 281 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  40.7 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 292 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  34.64 
 
 		 302 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  34.64 
 
 		 302 aa  99.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  28.26 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  34.64 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  25.9 
 
 		 329 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 319 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 283 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  26.83 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.83 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.44 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.36 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 283 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 328 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 320 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 300 aa  92  9e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1623  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.67 
 
 		 326 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.65 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 283 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3565  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.17 
 
 		 312 aa  89.7  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 283 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 300 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3209  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 298 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 303 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  25.8 
 
 		 310 aa  89  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.92 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 288 aa  87.4  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0345  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 288 aa  87  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>