More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4155 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  86.64 
 
 		 322 aa  528  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  91.58 
 
 		 305 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  90.32 
 
 		 307 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  90.32 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  90.32 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  97.45 
 
 		 326 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 296 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 296 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 301 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.68 
 
 		 322 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  51.47 
 
 		 303 aa  268  8e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 303 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 298 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  49.03 
 
 		 273 aa  244  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  54.25 
 
 		 212 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  43.22 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 312 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  42.49 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 281 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 309 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 309 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.11 
 
 		 307 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 327 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  25.28 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 328 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 288 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  24.69 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 308 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  25 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  33.86 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  24.47 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  24.47 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  24.47 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  24.47 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  24.47 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1196  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 320 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6156  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>