More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1550 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  60.54 
 
 		 301 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  60.54 
 
 		 322 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 296 aa  360  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  58.28 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  57.82 
 
 		 303 aa  325  5e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  66.98 
 
 		 212 aa  299  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  56.92 
 
 		 273 aa  294  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 307 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 322 aa  281  9e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 324 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 324 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 307 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 281 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 316 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  38.08 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  37.75 
 
 		 312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 309 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 312 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5231  LysR family transcriptional regulator  64.04 
 
 		 89 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.991893  normal  0.152462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 303 aa  86.3  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  31.41 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2503  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  31.41 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  31.41 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.76 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5915  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  21.85 
 
 		 297 aa  81.6  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  23.45 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1175  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.852723  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2632  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.724671  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.57 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.21 
 
 		 289 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 325 aa  79.3  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3514  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.17891  normal  0.0678834 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  25.44 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.69 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3178  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.538145 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  22.74 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  25.55 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.04 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2584  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0798399  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>