More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3682 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
326 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  87.12 
 
 
322 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  90.18 
 
 
324 aa  554  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  90.18 
 
 
324 aa  554  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  97.45 
 
 
307 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  90.23 
 
 
305 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  89.87 
 
 
307 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
296 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  51.04 
 
 
301 aa  297  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  52.3 
 
 
296 aa  297  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.35 
 
 
322 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  52.94 
 
 
303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 
298 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 
303 aa  263  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  49.81 
 
 
273 aa  245  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  53.3 
 
 
212 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  43.59 
 
 
312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  42.86 
 
 
312 aa  192  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
281 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
306 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 
309 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
292 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 
292 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  25.45 
 
 
303 aa  99  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 
319 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 
305 aa  90.1  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 
295 aa  90.1  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 
304 aa  89.4  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
327 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
297 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  26.9 
 
 
312 aa  86.7  5e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 
304 aa  86.3  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 
302 aa  85.9  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 
300 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.41 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 
316 aa  85.9  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4165  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
289 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 
302 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0713  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.730012  normal  0.411699 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 
308 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
305 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
291 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
306 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
291 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
291 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
288 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
296 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
288 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
288 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  23.05 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
304 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
288 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1265  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  23.87 
 
 
288 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 
302 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  22.81 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.44 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 
288 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 
288 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.1 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  24.41 
 
 
325 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  26.1 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.87 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  33.86 
 
 
306 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
300 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  24.61 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
324 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 
310 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2608  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
303 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  33.33 
 
 
310 aa  79  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>