More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5487 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  98.09 
 
 
419 aa  850  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  96.19 
 
 
420 aa  811  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  94.03 
 
 
419 aa  783  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  99.05 
 
 
419 aa  854  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  96.19 
 
 
420 aa  811  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  85.57 
 
 
417 aa  721  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  84.06 
 
 
421 aa  702  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
419 aa  862  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  8.66815e-05 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  63.16 
 
 
412 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  63.16 
 
 
412 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  62.63 
 
 
412 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  62.63 
 
 
412 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  45.27 
 
 
408 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  44.42 
 
 
408 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  44.87 
 
 
410 aa  341  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  41.54 
 
 
417 aa  319  4e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  43.52 
 
 
408 aa  318  8e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.92518e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  41.06 
 
 
413 aa  315  9e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  41.06 
 
 
399 aa  315  1e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 
417 aa  314  2e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  41.52 
 
 
422 aa  308  1e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  38.61 
 
 
414 aa  305  8e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  38.28 
 
 
414 aa  301  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  36.41 
 
 
380 aa  295  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  38.52 
 
 
420 aa  278  9e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  38.13 
 
 
424 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  38.37 
 
 
424 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  30.4 
 
 
441 aa  200  4e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  29.05 
 
 
446 aa  180  3e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  30.14 
 
 
427 aa  179  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  29.48 
 
 
432 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  30.49 
 
 
445 aa  154  3e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  29.4 
 
 
445 aa  153  6e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
445 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 
438 aa  147  2e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  31.9 
 
 
495 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 
631 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  30.52 
 
 
427 aa  124  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
441 aa  122  1e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  30.25 
 
 
427 aa  122  2e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
441 aa  120  5e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
435 aa  115  1e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  29.43 
 
 
441 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
435 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 
424 aa  107  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
448 aa  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 
431 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.48 
 
 
441 aa  105  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
452 aa  104  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  27.56 
 
 
441 aa  104  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  27.39 
 
 
442 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 
434 aa  103  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 
433 aa  103  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 
419 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  3.95876e-05 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
443 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  31.02 
 
 
423 aa  102  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  30.3 
 
 
419 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
429 aa  100  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 
440 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 
434 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 
434 aa  99  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  28.28 
 
 
434 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  33.19 
 
 
434 aa  97.1  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 
435 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
415 aa  96.7  6e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
444 aa  96.7  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  28.86 
 
 
428 aa  96.7  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  32.75 
 
 
431 aa  96.3  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  28.01 
 
 
441 aa  93.6  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
435 aa  93.2  8e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  29.14 
 
 
427 aa  92.8  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.41 
 
 
435 aa  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 
424 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 
410 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 
442 aa  91.3  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 
466 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
451 aa  89.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  5.53575e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
428 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 
432 aa  89  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 
429 aa  89  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.6 
 
 
410 aa  88.2  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  29.47 
 
 
431 aa  87  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  24.03 
 
 
447 aa  87  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 
422 aa  87  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
468 aa  86.3  9e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
410 aa  86.3  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
452 aa  86.3  9e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1317  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 
426 aa  85.9  1e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.12099 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  29.91 
 
 
435 aa  85.9  1e-15  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
424 aa  86.3  1e-15  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 
420 aa  85.9  1e-15  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
414 aa  85.1  2e-15  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 
434 aa  85.1  2e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
439 aa  84.7  3e-15  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.13 
 
 
426 aa  83.2  7e-15  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 
433 aa  82.4  1e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 
431 aa  82.8  1e-14  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.84 
 
 
438 aa  82  2e-14  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 
415 aa  79  2e-13  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>