More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR1266 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  100 
 
 
193 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  99.48 
 
 
193 aa  392  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  94.82 
 
 
193 aa  380  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.95 
 
 
192 aa  279  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.68 
 
 
197 aa  275  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  66.84 
 
 
192 aa  270  8.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  71.2 
 
 
192 aa  270  9e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  66.32 
 
 
192 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  67.05 
 
 
217 aa  249  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.71 
 
 
217 aa  249  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.03 
 
 
220 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  65.17 
 
 
179 aa  247  7e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 
221 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  68.57 
 
 
219 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.48 
 
 
217 aa  245  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  68 
 
 
235 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.89 
 
 
201 aa  234  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.53 
 
 
204 aa  231  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  63.95 
 
 
189 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  61.93 
 
 
181 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  58.06 
 
 
202 aa  226  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  61.36 
 
 
181 aa  225  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 
192 aa  222  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  63.74 
 
 
189 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.8 
 
 
205 aa  187  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.71 
 
 
199 aa  164  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.24 
 
 
201 aa  154  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.46 
 
 
198 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.75 
 
 
174 aa  119  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.99 
 
 
181 aa  111  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  37.89 
 
 
173 aa  103  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.23 
 
 
179 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.61 
 
 
180 aa  101  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.97 
 
 
180 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.97 
 
 
180 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.52 
 
 
197 aa  99.4  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  32.78 
 
 
204 aa  93.2  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  33.54 
 
 
217 aa  87  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.98 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.73 
 
 
241 aa  79  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  28.65 
 
 
242 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.89 
 
 
242 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.38 
 
 
179 aa  75.5  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  31.45 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.55 
 
 
259 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  30.97 
 
 
317 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  27.46 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.33 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  26.98 
 
 
310 aa  66.6  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.65 
 
 
249 aa  65.1  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  31.14 
 
 
418 aa  63.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3078  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.54 
 
 
67 aa  62.4  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4409  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
67 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 
67 aa  61.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0913  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
67 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.26 
 
 
87 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000103728 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.992183 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  45.9 
 
 
70 aa  59.7  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  38.1 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.44 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
67 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197262  normal  0.753603 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  43.66 
 
 
81 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0586  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.77 
 
 
67 aa  59.7  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.68 
 
 
70 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  43.66 
 
 
81 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 
84 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  37.68 
 
 
70 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1054  cold shock protein CspA  35.82 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000920965  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1029  cold shock protein  35.82 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.00447e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
69 aa  58.9  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  45.9 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5340  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
83 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2269  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 
73 aa  58.9  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0244  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.9 
 
 
69 aa  58.9  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1135  cold shock protein CspA  35.82 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000287991  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  45.45 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.68 
 
 
70 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.71 
 
 
69 aa  58.9  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  44.26 
 
 
69 aa  58.9  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  45.76 
 
 
70 aa  58.9  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.9 
 
 
67 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.94 
 
 
70 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  45.9 
 
 
67 aa  58.5  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  31.43 
 
 
69 aa  58.5  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  29.17 
 
 
288 aa  58.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1289  cold shock protein CspA  35.82 
 
 
67 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110281  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  31.43 
 
 
69 aa  58.5  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4154  cold shock protein CspA  35.82 
 
 
67 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000857883  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2727  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
67 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.312449  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0430  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
67 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000180464  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>