More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0021 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 
279 aa  562  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  82.44 
 
 
279 aa  477  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  82.44 
 
 
279 aa  477  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  77.78 
 
 
279 aa  451  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  74.73 
 
 
281 aa  420  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  72.04 
 
 
279 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  71.33 
 
 
279 aa  397  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  70.97 
 
 
279 aa  394  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  68.95 
 
 
278 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  65.7 
 
 
278 aa  369  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  66.43 
 
 
278 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  65.7 
 
 
278 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  65.34 
 
 
278 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  64.84 
 
 
278 aa  366  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  63.44 
 
 
279 aa  361  6e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  64.96 
 
 
277 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  63.67 
 
 
280 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  63.97 
 
 
280 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  64.98 
 
 
278 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  63.6 
 
 
278 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  63.54 
 
 
277 aa  352  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  63.37 
 
 
275 aa  347  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3382  tryptophan synthase subunit alpha  63 
 
 
279 aa  341  9e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0201065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1695  tryptophan synthase subunit alpha  65.69 
 
 
281 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  hitchhiker  0.000000673783 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  63.7 
 
 
272 aa  331  7.000000000000001e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  57.2 
 
 
269 aa  328  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 
269 aa  328  9e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  61.57 
 
 
267 aa  328  9e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1402  tryptophan synthase subunit alpha  64.98 
 
 
282 aa  323  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.362344 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  56.2 
 
 
270 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 
269 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  56.99 
 
 
268 aa  318  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  56.09 
 
 
268 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  66.53 
 
 
263 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  57.93 
 
 
269 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  57.93 
 
 
269 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  57.35 
 
 
269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  65.97 
 
 
263 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  57.35 
 
 
269 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  65.97 
 
 
263 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  56.2 
 
 
270 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  58.52 
 
 
263 aa  311  6.999999999999999e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  56.04 
 
 
265 aa  301  7.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  59.75 
 
 
271 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0090  tryptophan synthase, alpha chain  52.19 
 
 
265 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  48.53 
 
 
274 aa  241  9e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4977  tryptophan synthase subunit alpha  49.82 
 
 
275 aa  238  9e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  52.94 
 
 
271 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  48.95 
 
 
264 aa  230  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1770  tryptophan synthase subunit alpha  45.56 
 
 
264 aa  229  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86943  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  47.94 
 
 
266 aa  228  9e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1329  tryptophan synthase subunit alpha  48.59 
 
 
276 aa  226  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0798301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  45.04 
 
 
270 aa  227  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0468  tryptophan synthase subunit alpha  43.19 
 
 
272 aa  225  6e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.270777  normal  0.54371 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  47.68 
 
 
267 aa  224  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  46.41 
 
 
267 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  42.59 
 
 
268 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  45.38 
 
 
268 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  43.18 
 
 
267 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0433  tryptophan synthase subunit alpha  43.19 
 
 
278 aa  221  7e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  47.68 
 
 
267 aa  221  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  45.83 
 
 
269 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  46.67 
 
 
266 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1563  tryptophan synthase subunit alpha  46.18 
 
 
265 aa  219  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  44.12 
 
 
271 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1237  tryptophan synthase subunit alpha  44.7 
 
 
274 aa  217  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.763489 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  46.18 
 
 
277 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  43.87 
 
 
275 aa  215  5e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000897023  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  45 
 
 
271 aa  215  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01272  tryptophan synthase subunit alpha  46.47 
 
 
268 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  42.19 
 
 
265 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  48.95 
 
 
269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  42.19 
 
 
265 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  46.56 
 
 
270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  42.48 
 
 
272 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  42.48 
 
 
272 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0729  tryptophan synthase subunit alpha  42.92 
 
 
268 aa  210  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  42.92 
 
 
268 aa  210  2e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1268  tryptophan synthase subunit alpha  45 
 
 
272 aa  210  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  41.03 
 
 
285 aa  208  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2593  tryptophan synthase subunit alpha  41.57 
 
 
269 aa  208  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1269  tryptophan synthase subunit alpha  45 
 
 
272 aa  208  8e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  44.77 
 
 
272 aa  208  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  44.92 
 
 
265 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3240  tryptophan synthase subunit alpha  41.57 
 
 
269 aa  207  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  43.22 
 
 
268 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  41.2 
 
 
273 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  44.77 
 
 
273 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  45.34 
 
 
265 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  44.73 
 
 
271 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1063  tryptophan synthase subunit alpha  45.99 
 
 
264 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50074  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1787  tryptophan synthase subunit alpha  43.9 
 
 
273 aa  205  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0911  tryptophan synthase, alpha subunit  38.58 
 
 
272 aa  205  6e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000294001  hitchhiker  0.0000000028477 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  44.73 
 
 
271 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  42.11 
 
 
272 aa  205  8e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1863  tryptophan synthase subunit alpha  40.38 
 
 
262 aa  204  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1414  tryptophan synthase subunit alpha  43.39 
 
 
285 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  44.07 
 
 
265 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1238  tryptophan synthase subunit alpha  46.58 
 
 
265 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4867  tryptophan synthase subunit alpha  39.71 
 
 
279 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.16502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>