More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0104 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 		 270 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  82.46 
 
 		 269 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  81.72 
 
 		 269 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  81.72 
 
 		 268 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  81.72 
 
 		 268 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  80.97 
 
 		 269 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  78.15 
 
 		 270 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  80.22 
 
 		 269 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  79.48 
 
 		 269 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  78.36 
 
 		 269 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  79.85 
 
 		 269 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  60.58 
 
 		 279 aa  348  6e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  59.71 
 
 		 277 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  59.71 
 
 		 279 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  59.34 
 
 		 279 aa  330  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  64.44 
 
 		 278 aa  328  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  58.97 
 
 		 279 aa  327  9e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 278 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 278 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  59.93 
 
 		 278 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  55.11 
 
 		 281 aa  322  4e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 278 aa  322  5e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  58.09 
 
 		 278 aa  321  6e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  59.16 
 
 		 267 aa  321  9.000000000000001e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  56.2 
 
 		 279 aa  320  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  57.3 
 
 		 272 aa  318  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  58.15 
 
 		 278 aa  315  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1695  tryptophan synthase subunit alpha  61.31 
 
 		 281 aa  316  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  hitchhiker  0.000000673783 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  55.68 
 
 		 279 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  55.47 
 
 		 279 aa  315  6e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  55.31 
 
 		 279 aa  314  8e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  57.2 
 
 		 280 aa  314  8e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  57.04 
 
 		 280 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  56.46 
 
 		 278 aa  308  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  59.68 
 
 		 263 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  56.18 
 
 		 263 aa  306  3e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  57.35 
 
 		 277 aa  305  6e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  58.1 
 
 		 263 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  58.1 
 
 		 263 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3382  tryptophan synthase subunit alpha  56.04 
 
 		 279 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0201065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  56.83 
 
 		 275 aa  295  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1402  tryptophan synthase subunit alpha  58.67 
 
 		 282 aa  290  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.362344 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  54.28 
 
 		 265 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  55.3 
 
 		 271 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  57.44 
 
 		 266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  54.61 
 
 		 271 aa  271  8.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  54.01 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  50.38 
 
 		 267 aa  257  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4977  tryptophan synthase subunit alpha  56.34 
 
 		 275 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  49.62 
 
 		 267 aa  255  6e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1329  tryptophan synthase subunit alpha  56.02 
 
 		 276 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0798301  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1063  tryptophan synthase subunit alpha  52.83 
 
 		 264 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50074  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  47.92 
 
 		 267 aa  248  7e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  50 
 
 		 264 aa  246  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  50.2 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0090  tryptophan synthase, alpha chain  52.81 
 
 		 265 aa  244  9.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  48.55 
 
 		 268 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  53.16 
 
 		 267 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  49.17 
 
 		 266 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  48.79 
 
 		 271 aa  239  4e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  44.57 
 
 		 268 aa  235  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0911  tryptophan synthase, alpha subunit  46.96 
 
 		 272 aa  234  9e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000294001  hitchhiker  0.0000000028477 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  48.56 
 
 		 273 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  46.99 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  46.99 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  47.39 
 
 		 268 aa  231  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1811  tryptophan synthase subunit alpha  47.33 
 
 		 265 aa  230  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2593  tryptophan synthase subunit alpha  46.13 
 
 		 269 aa  231  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  44.65 
 
 		 269 aa  230  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  46.4 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3280  tryptophan synthase subunit alpha  53.59 
 
 		 267 aa  229  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3061  tryptophan synthase subunit alpha  47.93 
 
 		 273 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.691783  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3240  tryptophan synthase subunit alpha  46.13 
 
 		 269 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  44.15 
 
 		 271 aa  226  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1693  tryptophan synthase subunit alpha  44.98 
 
 		 271 aa  227  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000483828  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  44.61 
 
 		 285 aa  225  6e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  45.6 
 
 		 265 aa  225  8e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  47.58 
 
 		 269 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2135  tryptophan synthase subunit alpha  46.09 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.192647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1156  tryptophan synthase, alpha subunit  43.33 
 
 		 265 aa  224  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  50.63 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  43.82 
 
 		 275 aa  223  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000897023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1158  tryptophan synthase, alpha subunit  42.22 
 
 		 276 aa  223  3e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.814053  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1863  tryptophan synthase subunit alpha  40.84 
 
 		 262 aa  222  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1683  tryptophan synthase subunit alpha  47.52 
 
 		 271 aa  222  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0804  tryptophan synthase, alpha subunit  43.28 
 
 		 272 aa  222  6e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.28241  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  47.26 
 
 		 271 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2304  tryptophan synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 265 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4867  tryptophan synthase subunit alpha  41.99 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.16502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  46.84 
 
 		 271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1803  tryptophan synthase, alpha subunit  44.74 
 
 		 273 aa  219  3e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1557  tryptophan synthase subunit alpha  44.91 
 
 		 270 aa  219  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  43.48 
 
 		 265 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3617  tryptophan synthase subunit alpha  44.4 
 
 		 272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  43.18 
 
 		 265 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  44.86 
 
 		 270 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  47.03 
 
 		 272 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  45.38 
 
 		 271 aa  218  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1268  tryptophan synthase subunit alpha  41.57 
 
 		 272 aa  218  8.999999999999998e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  44.03 
 
 		 265 aa  217  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>