More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0198 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0198  tryptophan synthase subunit alpha  100 
 
 		 278 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0634  tryptophan synthase subunit alpha  91.73 
 
 		 278 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.12721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0073  tryptophan synthase subunit alpha  88.49 
 
 		 278 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0126825  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0391  tryptophan synthase subunit alpha  82.97 
 
 		 277 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0054  tryptophan synthase subunit alpha  80.58 
 
 		 278 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.130781 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0062  tryptophan synthase subunit alpha  80.94 
 
 		 278 aa  437  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0096  tryptophan synthase subunit alpha  82.01 
 
 		 278 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0812  tryptophan synthase subunit alpha  67.51 
 
 		 279 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2108  tryptophan synthase subunit alpha  66.06 
 
 		 279 aa  384  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2024  tryptophan synthase subunit alpha  65.7 
 
 		 279 aa  382  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.014662  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1988  tryptophan synthase subunit alpha  69.68 
 
 		 277 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.011593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1621  tryptophan synthase subunit alpha  70.04 
 
 		 278 aa  377  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3382  tryptophan synthase subunit alpha  70.7 
 
 		 279 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0201065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0477  tryptophan synthase subunit alpha  71.27 
 
 		 275 aa  375  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.178989  hitchhiker  0.00299272 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3955  tryptophan synthase subunit alpha  65.7 
 
 		 279 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.157341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0142  tryptophan synthase, alpha subunit  67.39 
 
 		 279 aa  373  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4282  tryptophan synthase subunit alpha  65.34 
 
 		 279 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4910  tryptophan synthase subunit alpha  68.12 
 
 		 280 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  0.738486 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0664  tryptophan synthase subunit alpha  65.58 
 
 		 281 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1402  tryptophan synthase subunit alpha  74.18 
 
 		 282 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.362344 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0021  tryptophan synthase subunit alpha  64.98 
 
 		 279 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4446  tryptophan synthase subunit alpha  67.39 
 
 		 280 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1695  tryptophan synthase subunit alpha  70.18 
 
 		 281 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  hitchhiker  0.000000673783 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3238  tryptophan synthase subunit alpha  64.26 
 
 		 279 aa  361  6e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4960  tryptophan synthase subunit alpha  68.27 
 
 		 278 aa  360  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126491  normal  0.0842715 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0222  tryptophan synthase subunit alpha  73 
 
 		 267 aa  355  5e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.671513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0097  tryptophan synthase subunit alpha  63.74 
 
 		 269 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0097  tryptophan synthase subunit alpha  63.37 
 
 		 269 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000224366 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0070  tryptophan synthase subunit alpha  61.17 
 
 		 269 aa  347  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0100  tryptophan synthase subunit alpha  63 
 
 		 269 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  hitchhiker  0.000187613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0082  tryptophan synthase subunit alpha  63 
 
 		 269 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  hitchhiker  0.00038137 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0952  tryptophan synthase subunit alpha  65.27 
 
 		 272 aa  340  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0033  tryptophan synthase subunit alpha  61.54 
 
 		 269 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02130  tryptophan synthase subunit alpha  60.81 
 
 		 269 aa  336  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00440  tryptophan synthase subunit alpha  60.29 
 
 		 268 aa  333  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.203151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0104  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 270 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0159  tryptophan synthase, alpha subunit  61.03 
 
 		 270 aa  332  4e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0349  tryptophan synthase subunit alpha  69.07 
 
 		 263 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0121944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3584  tryptophan synthase subunit alpha  70.34 
 
 		 263 aa  330  1e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.421277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0037  tryptophan synthase subunit alpha  59.56 
 
 		 268 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0169089  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2489  tryptophan synthase subunit alpha  68.64 
 
 		 263 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0709214  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0831  tryptophan synthase subunit alpha  68.64 
 
 		 263 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0333  tryptophan synthase subunit alpha  62.21 
 
 		 265 aa  318  5e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3428  tryptophan synthase, alpha chain  61.79 
 
 		 271 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0090  tryptophan synthase, alpha chain  54.55 
 
 		 265 aa  265  8.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.460509 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1329  tryptophan synthase subunit alpha  57.25 
 
 		 276 aa  261  8e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0798301  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2727  tryptophan synthase subunit alpha  52.55 
 
 		 271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.186329  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4977  tryptophan synthase subunit alpha  55.35 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1301  tryptophan synthase subunit alpha  55.46 
 
 		 266 aa  248  5e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.699121  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1965  tryptophan synthase subunit alpha  54.41 
 
 		 274 aa  246  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2371  tryptophan synthase subunit alpha  52.28 
 
 		 264 aa  241  7e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0243163  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2078  tryptophan synthase, alpha chain  47.01 
 
 		 270 aa  240  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3350  tryptophan synthase subunit alpha  51.63 
 
 		 267 aa  238  9e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.282051  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0895  tryptophan synthase subunit alpha  51.22 
 
 		 267 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.76e-31 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0756  tryptophan synthase subunit alpha  47.46 
 
 		 275 aa  233  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000897023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1063  tryptophan synthase subunit alpha  52.29 
 
 		 264 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0468  tryptophan synthase subunit alpha  44.65 
 
 		 272 aa  232  6e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.270777  normal  0.54371 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2477  tryptophan synthase subunit alpha  50 
 
 		 269 aa  229  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.854745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0433  tryptophan synthase subunit alpha  45.08 
 
 		 278 aa  229  5e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0729  tryptophan synthase subunit alpha  47.41 
 
 		 268 aa  228  6e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0645  tryptophan synthase subunit alpha  47.41 
 
 		 268 aa  228  6e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1021  tryptophan synthase  48.13 
 
 		 271 aa  228  8e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0911  tryptophan synthase, alpha subunit  43.01 
 
 		 272 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000294001  hitchhiker  0.0000000028477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2879  tryptophan synthase subunit alpha  45.87 
 
 		 270 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.526675  normal  0.678186 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3350  tryptophan synthase subunit alpha  47.11 
 
 		 272 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01272  tryptophan synthase subunit alpha  48.41 
 
 		 268 aa  222  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1697  tryptophan synthase, alpha chain  44.49 
 
 		 268 aa  221  8e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22774 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1238  tryptophan synthase subunit alpha  51.03 
 
 		 265 aa  221  9e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1254  tryptophan synthase subunit alpha  48.54 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.521537  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1333  tryptophan synthase, alpha subunit  49.19 
 
 		 277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.51392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4620  tryptophan synthase subunit alpha  45.65 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.26381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3855  tryptophan synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 271 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2123  tryptophan synthase subunit alpha  46.67 
 
 		 271 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.689803  normal  0.0114764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5244  tryptophan synthase subunit alpha  46.5 
 
 		 269 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776632 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1162  tryptophan synthase subunit alpha  47.08 
 
 		 267 aa  218  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3280  tryptophan synthase subunit alpha  47.58 
 
 		 267 aa  217  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2465  tryptophan synthase subunit alpha  47.08 
 
 		 265 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1863  tryptophan synthase subunit alpha  40.3 
 
 		 262 aa  216  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3047  tryptophan synthase subunit alpha  45.2 
 
 		 272 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0871  tryptophan synthase, alpha chain  45.05 
 
 		 268 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.675089  hitchhiker  0.00834843 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2494  tryptophan synthase, alpha subunit  43.61 
 
 		 267 aa  215  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1913  tryptophan synthase, alpha chain  43.84 
 
 		 273 aa  215  8e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.075631  normal  0.497259 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1563  tryptophan synthase subunit alpha  44.44 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1156  tryptophan synthase, alpha subunit  46.44 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1726  tryptophan synthase subunit alpha  44.32 
 
 		 272 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195248  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2068  tryptophan synthase subunit alpha  44.32 
 
 		 272 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.659301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1262  tryptophan synthase, alpha chain  44.27 
 
 		 271 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0773  tryptophan synthase subunit alpha  42.92 
 
 		 265 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0621096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2043  tryptophan synthase, alpha subunit  43.85 
 
 		 268 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0998342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4376  tryptophan synthase subunit alpha  46.69 
 
 		 271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2156  tryptophan synthase subunit alpha  43.8 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.156155  normal  0.0897889 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1048  tryptophan synthase subunit alpha  42.08 
 
 		 265 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.477219 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1803  tryptophan synthase, alpha subunit  49.58 
 
 		 273 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6840  tryptophan synthase subunit alpha  46.03 
 
 		 270 aa  211  7e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.76658  normal  0.863565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1214  tryptophan synthase subunit alpha  45.68 
 
 		 285 aa  211  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0210268 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1981  tryptophan synthase subunit alpha  42.86 
 
 		 265 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0328382 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2135  tryptophan synthase subunit alpha  45.45 
 
 		 265 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.192647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4745  tryptophan synthase subunit alpha  43.49 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1414  tryptophan synthase subunit alpha  42.32 
 
 		 285 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1770  tryptophan synthase subunit alpha  44.9 
 
 		 264 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86943  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>