97 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Pfl01_0019  CDS  NC_007492  21282  22382  1101  SMF protein  YP_345752  decreased coverage  6.11984e-07  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0119  CDS  NC_007492  121036  121407  372  hypothetical protein  YP_345852  decreased coverage  1.23935e-11  normal  0.953657  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0406  CDS  NC_007492  462746  463312  567  fimbrial assembly  YP_346139  decreased coverage  0.00108906  normal  0.334136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0461  CDS  NC_007492  529774  531183  1410  phosphodiesterase/alkaline phosphatase D-like  YP_346194  decreased coverage  0.00298068  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0490  CDS  NC_007492  566922  568202  1281  3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase  YP_346223  decreased coverage  0.00763078  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0557  CDS  NC_007492  651648  652412  765  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  YP_346290  decreased coverage  7.97066e-07  normal  0.366163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0617  CDS  NC_007492  725580  726458  879  ribosomal protein L11 methyltransferase  YP_346350  decreased coverage  0.00809563  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0686  CDS  NC_007492  800901  802394  1494  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  YP_346419  decreased coverage  3.35425e-07  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0687  CDS  NC_007492  802597  802968  372  hypothetical protein  YP_346420  decreased coverage  1.95104e-10  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0706  CDS  NC_007492  834876  835976  1101  secretion protein HlyD  YP_346439  decreased coverage  3.31728e-06  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0743  CDS  NC_007492  870929  872656  1728  hypothetical protein  YP_346475  decreased coverage  0.00289763  normal  0.898724  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0766  CDS  NC_007492  899309  900469  1161  carbamoyl phosphate synthase small subunit  YP_346498  decreased coverage  0.00373051  normal  0.380766  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0779  CDS  NC_007492  913740  916253  2514  translation initiation factor IF-2  YP_346511  decreased coverage  6.79376e-08  normal  0.0113763  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0814  CDS  NC_007492  959660  961075  1416  outer membrane porin  YP_346546  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_0838  CDS  NC_007492  986267  987304  1038  rod shape-determining protein MreB  YP_346570  decreased coverage  0.00330287  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1297  CDS  NC_007492  1472810  1475101  2292  glycoside hydrolase family protein  YP_347029  decreased coverage  0.00926582  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1363  CDS  NC_007492  1536755  1537342  588  anti sigma-E protein, RseA  YP_347095  decreased coverage  0.0073652  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1485  CDS  NC_007492  1665141  1665440  300  YciI-like protein  YP_347217  decreased coverage  0.00728644  normal  0.723827  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1552  CDS  NC_007492  1738329  1739468  1140  flagellar biosynthesis protein FlhB  YP_347284  decreased coverage  0.00640595  normal  0.373184  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1591  CDS  NC_007492  1777268  1778266  999  thiosulphate-binding protein  YP_347323  decreased coverage  0.00740648  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1596  CDS  NC_007492  1783136  1784029  894  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  YP_347328  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1657  CDS  NC_007492  1845935  1846159  225  hypothetical protein  YP_347389  hitchhiker  5.0126e-08  decreased coverage  0.0010506  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1658  CDS  NC_007492  1847114  1847437  324  hypothetical protein  YP_347390  unclonable  9.57137e-15  decreased coverage  0.00112349  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1659  CDS  NC_007492  1847499  1848977  1479  hypothetical protein  YP_347391  hitchhiker  4.40717e-09  decreased coverage  0.00162326  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1771  CDS  NC_007492  1970161  1971150  990  lipase, putative  YP_347503  decreased coverage  0.000783432  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1777  CDS  NC_007492  1974816  1975850  1035  OmpF  YP_347509  decreased coverage  0.000465517  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1800  CDS  NC_007492  2009628  2010494  867  cell division protein ZipA  YP_347532  decreased coverage  5.42289e-05  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1911  CDS  NC_007492  2185313  2185768  456  hypothetical protein  YP_347643  decreased coverage  0.00157166  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_1933  CDS  NC_007492  2202995  2203189  195  50S ribosomal protein L35  YP_347665  decreased coverage  7.71602e-05  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_2485  CDS  NC_007492  2840984  2844073  3090  acriflavin resistance protein  YP_348216  decreased coverage  0.000175334  normal  0.956638  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_2494  CDS  NC_007492  2851660  2853054  1395  FAD-linked oxidoreductase  YP_348225  decreased coverage  0.00941267  normal  0.521213  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_2746  CDS  NC_007492  3164685  3165818  1134  saccharopine dehydrogenase  YP_348477  decreased coverage  6.11807e-05  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_2928  CDS  NC_007492  3373671  3375029  1359  glutathione reductase  YP_348659  decreased coverage  0.00793619  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_2998  CDS  NC_007492  3440461  3441279  819  hypothetical protein  YP_348727  decreased coverage  0.00986967  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3041  CDS  NC_007492  3482296  3482943  648  two component LuxR family transcriptional regulator  YP_348770  decreased coverage  3.2992e-05  normal  0.146168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3055  CDS  NC_007492  3496934  3497779  846  Alpha/beta hydrolase fold  YP_348784  normal  decreased coverage  0.00610584  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3414  CDS  NC_007492  3894859  3895743  885  hypothetical protein  YP_349143  decreased coverage  0.00743869  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3476  CDS  NC_007492  3960731  3961102  372  hypothetical protein  YP_349205  normal  0.0693193  decreased coverage  0.00711492  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3477  CDS  NC_007492  3961112  3961393  282  hypothetical protein  YP_349206  hitchhiker  0.00843437  decreased coverage  0.00668912  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3478  CDS  NC_007492  3961513  3961752  240  hypothetical protein  YP_349207  hitchhiker  0.00234854  decreased coverage  0.00700115  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3479  CDS  NC_007492  3961753  3962088  336  hypothetical protein  YP_349208  hitchhiker  0.000156822  decreased coverage  0.0075095  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3480  CDS  NC_007492  3962384  3963982  1599  recombinase  YP_349209  hitchhiker  3.73145e-09  decreased coverage  0.0098808  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3481  CDS  NC_007492  3964508  3965452  945  hypothetical protein  YP_349210  decreased coverage  1.72273e-10  normal  0.0268237  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3508  CDS  NC_007492  3986889  3987965  1077  diguanylate cyclase  YP_349237  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_3661  CDS  NC_007492  4144717  4145055  339  hypothetical protein  YP_349390  decreased coverage  7.04866e-11  normal  0.22086  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4072  CDS  NC_007492  4599589  4601274  1686  30S ribosomal protein S1  YP_349800  decreased coverage  5.37264e-05  normal  0.0653757  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4166  CDS  NC_007492  4701795  4705043  3249  RNAse E  YP_349894  decreased coverage  3.06864e-06  normal  0.124166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4366  CDS  NC_007492  4918743  4920089  1347  carbohydrate-selective porin OprB  YP_350094  decreased coverage  0.00370105  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4418  CDS  NC_007492  4975426  4975779  354  hypothetical protein  YP_350146  decreased coverage  8.24564e-06  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4436  CDS  NC_007492  4995915  4996763  849  formyltetrahydrofolate deformylase  YP_350164  decreased coverage  0.00849533  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4496  CDS  NC_007492  5071062  5071730  669  hypothetical protein  YP_350224  normal  decreased coverage  0.000259931  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4497  CDS  NC_007492  5071892  5073166  1275  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  YP_350225  normal  decreased coverage  0.000269755  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4498  CDS  NC_007492  5073156  5073839  684  two component transcriptional regulator  YP_350226  normal  decreased coverage  0.000234919  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4499  CDS  NC_007492  5074043  5075992  1950  sulfatase  YP_350227  normal  decreased coverage  0.000368912  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4503  CDS  NC_007492  5079113  5079589  477  FxsA  YP_350231  normal  0.329001  decreased coverage  0.000252852  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4504  CDS  NC_007492  5079655  5080386  732  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like, FMN-binding  YP_350232  normal  decreased coverage  0.000287779  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4505  CDS  NC_007492  5080547  5081305  759  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_350233  normal  decreased coverage  0.000318637  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4506  CDS  NC_007492  5081374  5082468  1095  ParA family protein  YP_350234  normal  decreased coverage  0.000372356  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4507  CDS  NC_007492  5082624  5084675  2052  methionyl-tRNA synthetase  YP_350235  normal  decreased coverage  0.000498816  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4508  CDS  NC_007492  5084807  5085376  570  electron transport complex protein RnfA  YP_350236  normal  decreased coverage  0.00030992  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4509  CDS  NC_007492  5085373  5086587  1215  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  YP_350237  normal  decreased coverage  0.000389854  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4510  CDS  NC_007492  5086574  5087557  984  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  YP_350238  normal  decreased coverage  0.000355636  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4511  CDS  NC_007492  5087554  5088159  606  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  YP_350239  normal  decreased coverage  0.000304258  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4615  CDS  NC_007492  5213793  5214587  795  RNA methyltransferase TrmH, group 1  YP_350343  decreased coverage  0.00452302  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4668  CDS  NC_007492  5269324  5270520  1197  cell division protein FtsZ  YP_350396  decreased coverage  9.10639e-08  normal  0.472139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4669  CDS  NC_007492  5270588  5271847  1260  cell division protein FtsA  YP_350397  decreased coverage  1.65844e-06  normal  0.464968  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4674  CDS  NC_007492  5276218  5277435  1218  cell cycle protein  YP_350402  decreased coverage  0.000737984  normal  0.479047  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4694  CDS  NC_007492  5295984  5296412  429  50S ribosomal protein L13  YP_350422  decreased coverage  0.00889549  normal  0.0218905  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4699  CDS  NC_007492  5301329  5302684  1356  tryptophanyl-tRNA synthetase  YP_350427  decreased coverage  0.00386571  normal  0.0630119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4753  CDS  NC_007492  5357049  5357981  933  ribose-phosphate pyrophosphokinase  YP_350481  decreased coverage  0.00928462  normal  0.419726  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_4783  CDS  NC_007492  5398828  5399451  624  putative sulfite oxidase subunit YedZ  YP_350511  decreased coverage  0.000214193  hitchhiker  0.0081736  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5038  CDS  NC_007492  5675240  5676241  1002  hypothetical protein  YP_350766  normal  decreased coverage  0.00557373  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5039  CDS  NC_007492  5676229  5676987  759  hypothetical protein  YP_350767  normal  decreased coverage  0.00504479  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5040  CDS  NC_007492  5676977  5678083  1107  hypothetical protein  YP_350768  normal  0.763439  decreased coverage  0.00496845  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5041  CDS  NC_007492  5678262  5679257  996  transcriptional regulator  YP_350769  normal  decreased coverage  0.00544571  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5042  CDS  NC_007492  5679358  5679912  555  isochorismatase hydrolase  YP_350770  normal  decreased coverage  0.00512316  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5080  CDS  NC_007492  5705332  5705643  312  30S ribosomal protein S10  YP_350808  decreased coverage  7.93453e-11  normal  0.270334  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5085  CDS  NC_007492  5710331  5714530  4200  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  YP_350813  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5093  CDS  NC_007492  5722362  5723555  1194  elongation factor Tu  YP_350821  decreased coverage  5.84025e-10  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5098  CDS  NC_007492  5732113  5733312  1200  tyrosyl-tRNA synthetase  YP_350826  decreased coverage  1.21242e-08  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5355  CDS  NC_007492  6014091  6015164  1074  hypothetical protein  YP_351083  decreased coverage  0.00756623  normal  0.927738  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5402  CDS  NC_007492  6064812  6065732  921  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  YP_351130  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5403  CDS  NC_007492  6065729  6066871  1143  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  YP_351131  normal  decreased coverage  0.000274828  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5404  CDS  NC_007492  6066945  6068072  1128  extracellular solute-binding protein  YP_351132  normal  decreased coverage  0.000245963  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5405  CDS  NC_007492  6068230  6069342  1113  extracellular solute-binding protein  YP_351133  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5406  CDS  NC_007492  6069515  6070879  1365  putative aminotransferase  YP_351134  normal  decreased coverage  0.00027228  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5407  CDS  NC_007492  6070936  6072294  1359  L-glutamine synthetase  YP_351135  normal  decreased coverage  0.000279947  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5451  CDS  NC_007492  6116332  6117681  1350  sn-glycerol-3-phosphate transporter  YP_351179  normal  decreased coverage  0.00923139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5452  CDS  NC_007492  6117657  6118325  669  ChaC-like protein  YP_351180  normal  decreased coverage  0.00716931  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5453  CDS  NC_007492  6118523  6119491  969  CDP-6-deoxy-delta-3,4-glucoseen reductase  YP_351181  normal  decreased coverage  0.00193598  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5454  CDS  NC_007492  6119491  6120957  1467  3-octaprenyl-4hydroxybenzoate decarboxylase  YP_351182  normal  decreased coverage  0.00849207  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5633  CDS  NC_007492  6308603  6310156  1554  GntR family transcriptional regulator  YP_351360  decreased coverage  6.15538e-06  normal  0.236104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_5648  CDS  NC_007492  6330057  6331820  1764  Sodium/hydrogen exchanger  YP_351375  normal  decreased coverage  0.00653645  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_R68  tRNA  NC_007492  4820541  4820617  77  tRNA-Arg    decreased coverage  2.47988e-07  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_R69  tRNA  NC_007492  4820690  4820766  77  tRNA-Arg    decreased coverage  2.30039e-07  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_R70  tRNA  NC_007492  4820839  4820915  77  tRNA-Arg    decreased coverage  2.6537e-07  normal  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Pfl01_R85  tRNA  NC_007492  5451453  5451528  76  tRNA-Asn    decreased coverage  3.92711e-06  normal  0.139557  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>