299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R85 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0040  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0275291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0011  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00131891  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0024  tRNA-Asn  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0035  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt01  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt01  tRNA-Asn  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt44  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.305367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0054  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.122077 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R28  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0002  tRNA-Asn  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0050  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0039  tRNA-Asn  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000227587  normal  0.0269838 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0043  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.362716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0067  tRNA-Asn  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0075  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0076  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0043  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0048  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0073  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0078  tRNA-Asn  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.184642 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0005  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0022  tRNA-Phe  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0023  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0049  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000660852  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.205376  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0016  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000293232  hitchhiker  0.00358578 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0012  tRNA-Asn  92.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0021  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0160361  normal  0.0210498 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>