2638 genes were found for organism Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 27    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Jden_0001  CDS  NC_013174  159  1589  1431  chromosomal replication initiator protein DnaA  YP_003159983  unclonable  2.40109e-09  normal  0.165841  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0002  CDS  NC_013174  2173  3303  1131  DNA polymerase III, beta subunit  YP_003159984  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0003  CDS  NC_013174  3384  4631  1248  DNA replication and repair protein RecF  YP_003159985  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0004  CDS  NC_013174  4618  5133  516  protein of unknown function DUF721  YP_003159986  hitchhiker  0.00476655  normal  0.0907524  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0005  CDS  NC_013174  5370  7430  2061  DNA gyrase, B subunit  YP_003159987  normal  0.217672  normal  0.192252  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0006  CDS  NC_013174  7495  10110  2616  DNA gyrase subunit A  YP_003159988  normal  normal  0.307841  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0007  CDS  NC_013174  10316  10498  183  hypothetical protein  YP_003159989  normal  normal  0.365036  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0008  CDS  NC_013174  10545  10952  408  hypothetical protein  YP_003159990  normal  normal  0.526139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0009  CDS  NC_013174  11158  11277  120  hypothetical protein  YP_003159991  normal  normal  0.483038  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0010  CDS  NC_013174  11427  11801  375  hypothetical protein  YP_003159992  normal  normal  0.37066  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0011  CDS  NC_013174  11938  12816  879  AAA ATPase  YP_003159993  normal  normal  0.40888  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0012  CDS  NC_013174  12869  14122  1254  glycoside hydrolase family 10  YP_003159994  normal  normal  0.577284  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0013  CDS  NC_013174  14192  15859  1668  hypothetical protein  YP_003159995  normal  normal  0.837368  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0014  CDS  NC_013174  15856  16758  903  ABC transporter related  YP_003159996  normal  normal  0.694421  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0015  CDS  NC_013174  16989  18386  1398  protein of unknown function DUF195  YP_003159997  normal  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0016  CDS  NC_013174  18470  19663  1194  hypothetical protein  YP_003159998  normal  normal  0.916404  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0017  CDS  NC_013174  19689  20516  828  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  YP_003159999  normal  normal  0.629435  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0018  CDS  NC_013174  20526  21425  900  DSBA oxidoreductase  YP_003160000  normal  normal  0.445672  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0019  CDS  NC_013174  21706  22110  405  hypothetical protein  YP_003160001  normal  normal  0.406246  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0020  CDS  NC_013174  22211  22894  684  hypothetical protein  YP_003160002  normal  normal  0.425682  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0021  CDS  NC_013174  22966  23403  438  NrdI protein  YP_003160003  normal  normal  0.550333  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0022  CDS  NC_013174  23421  25163  1743  choline/carnitine/betaine transporter  YP_003160004  normal  normal  0.499144  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0023  CDS  NC_013174  25216  26469  1254  amidohydrolase  YP_003160005  normal  0.69346  normal  0.453416  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0024  CDS  NC_013174  26505  28241  1737  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  YP_003160006  normal  0.338176  normal  0.262087  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0025  CDS  NC_013174  28750  29658  909  hypothetical protein  YP_003160007  normal  0.170754  normal  0.221308  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0026  CDS  NC_013174  29869  30453  585  transcriptional regulator, TetR family  YP_003160008  normal  0.348467  normal  0.209562  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0027  CDS  NC_013174  30493  31551  1059  MMPL domain protein  YP_003160009  normal  normal  0.232375  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0028  CDS  NC_013174  31937  32971  1035  glycosyl transferase group 1  YP_003160010  normal  normal  0.038323  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0029  CDS  NC_013174  32968  34044  1077  glycosyl transferase group 1  YP_003160011  normal  normal  0.021133  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0030  CDS  NC_013174  34041  35084  1044  hypothetical protein  YP_003160012  normal  normal  0.0361636  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0031  CDS  NC_013174  35081  36991  1911  glycosyl transferase family 2  YP_003160013  normal  normal  0.188799  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0032  CDS  NC_013174  36984  38447  1464  polysaccharide biosynthesis protein  YP_003160014  normal  normal  0.166793  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0033  CDS  NC_013174  38440  39696  1257  hypothetical protein  YP_003160015  normal  normal  0.318895  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0034  CDS  NC_013174  40517  41839  1323  nucleotide sugar dehydrogenase  YP_003160016  normal  normal  0.250011  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0035  CDS  NC_013174  41893  43356  1464  exopolysaccharide biosynthesis polyprenyl glycosylphosphotransferase  YP_003160017  normal  normal  0.179777  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0036  CDS  NC_013174  43344  44336  993  hypothetical protein  YP_003160018  normal  normal  0.108994  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0037  CDS  NC_013174  44338  44967  630  protein tyrosine phosphatase  YP_003160019  normal  0.895909  normal  0.151139  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0038  CDS  NC_013174  44967  46391  1425  capsular exopolysaccharide family  YP_003160020  normal  0.956003  normal  0.120075  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0039  CDS  NC_013174  47216  47626  411  hypothetical protein  YP_003160021  normal  0.651966  normal  0.299618  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0040  CDS  NC_013174  48160  48543  384  hypothetical protein  YP_003160022  normal  0.110321  normal  0.209562  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0041  CDS  NC_013174  48894  49031  138  hypothetical protein  YP_003160023  normal  0.0768735  normal  0.201064  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0042  CDS  NC_013174  49134  51164  2031  hypothetical protein  YP_003160024  normal  0.311529  normal  0.139105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0043  CDS  NC_013174  51223  51864  642  ABC transporter related  YP_003160025  normal  0.61103  normal  0.243763  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0044  CDS  NC_013174  52048  53307  1260  filamentation induced by cAMP protein Fic  YP_003160026  normal  normal  0.203132  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0045    NC_013174  53738  54520  783      normal  normal  0.199974  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0046  CDS  NC_013174  54807  55928  1122  putative DNA alkylation repair protein  YP_003160027  normal  normal  0.316114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0047  CDS  NC_013174  56064  57224  1161  Radical SAM domain protein  YP_003160028  normal  0.834961  normal  0.32606  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0048  CDS  NC_013174  57270  57416  147  hypothetical protein  YP_003160029  normal  0.764733  normal  0.371755  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0049    NC_013174  57400  57606  207      normal  0.63363  normal  0.376669  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0050  CDS  NC_013174  58074  58712  639  protein of unknown function DUF161  YP_003160030  normal  0.404169  normal  0.436132  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0051  CDS  NC_013174  58709  60238  1530  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003160031  normal  0.241038  normal  0.50529  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0052  CDS  NC_013174  60497  61063  567  transcriptional regulator, TetR family  YP_003160032  normal  0.612692  normal  0.466149  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0053  CDS  NC_013174  61067  61987  921  transcriptional regulator, LysR family  YP_003160033  normal  normal  0.488501  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0054  CDS  NC_013174  62058  63200  1143  hypothetical protein  YP_003160034  normal  normal  0.698005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0055    NC_013174  63475  65669  2195      normal  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0056  CDS  NC_013174  65970  66329  360  hypothetical protein  YP_003160035  normal  normal  0.651391  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0057  CDS  NC_013174  66331  66912  582  hypothetical protein  YP_003160036  normal  normal  0.658838  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0058  CDS  NC_013174  67144  67302  159  hypothetical protein  YP_003160037  normal  normal  0.60259  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0059  CDS  NC_013174  67320  67496  177  hypothetical protein  YP_003160038  normal  normal  0.605722  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0060  CDS  NC_013174  67547  68113  567  hypothetical protein  YP_003160039  normal  normal  0.646046  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0061  CDS  NC_013174  68251  68463  213  hypothetical protein  YP_003160040  normal  normal  0.614205  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0062  CDS  NC_013174  68694  71258  2565  alpha-L-arabinofuranosidase B  YP_003160041  normal  0.649597  normal  0.531326  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0063  CDS  NC_013174  71792  72553  762  transcriptional regulator, DeoR family  YP_003160042  normal  0.366513  normal  0.178311  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0064  CDS  NC_013174  72550  73497  948  1-phosphofructokinase  YP_003160043  normal  0.596647  normal  0.385199  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0065  CDS  NC_013174  73499  73951  453  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  YP_003160044  normal  0.302113  normal  0.357186  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0066  CDS  NC_013174  73948  75459  1512  PTS system, fructose subfamily, IIC subunit  YP_003160045  normal  0.411939  normal  0.45424  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0067  CDS  NC_013174  75491  75763  273  Phosphotransferase system, phosphocarrier protein HPr  YP_003160046  normal  0.933007  normal  0.510342  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0068  CDS  NC_013174  75760  77469  1710  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  YP_003160047  normal  normal  0.638315  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0069  CDS  NC_013174  77553  77855  303  ribosomal protein S14  YP_003160048  normal  0.590343  normal  0.853303  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0070  CDS  NC_013174  77879  78115  237  hypothetical protein  YP_003160049  normal  0.561754  normal  0.853303  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0071  CDS  NC_013174  78160  78282  123  50S ribosomal protein L36  YP_003160050  normal  0.484433  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0072  CDS  NC_013174  78421  79776  1356  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  YP_003160051  normal  0.201849  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0073  CDS  NC_013174  79851  80885  1035  transferase, putative  YP_003160052  normal  0.709506  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0074  CDS  NC_013174  81065  82297  1233  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003160053  normal  0.147937  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0075  CDS  NC_013174  82555  83148  594  regulatory protein ArsR  YP_003160054  normal  0.493033  normal  0.853303  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0076  CDS  NC_013174  84691  86025  1335  Radical SAM domain protein  YP_003160055  normal  0.419521  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0077  CDS  NC_013174  86109  86537  429  YCII-related  YP_003160056  normal  0.35045  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0078  CDS  NC_013174  86563  88083  1521  sulphate transporter  YP_003160057  normal  0.566328  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0079  CDS  NC_013174  88169  89740  1572  small GTP-binding protein  YP_003160058  normal  0.125969  normal  0.83854  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0080  CDS  NC_013174  89737  90150  414  transcriptional regulator, MerR family  YP_003160059  normal  normal  0.671013  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0081  CDS  NC_013174  90685  91191  507  hypothetical protein  YP_003160060  normal  normal  0.543541  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0082  CDS  NC_013174  91215  92390  1176  hypothetical protein  YP_003160061  normal  normal  0.619134  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0083  CDS  NC_013174  92387  93025  639  ABC transporter related  YP_003160062  normal  normal  0.599688  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0084  CDS  NC_013174  93022  94125  1104  protein of unknown function DUF214  YP_003160063  normal  normal  0.650398  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0085  CDS  NC_013174  94383  94868  486  hypothetical protein  YP_003160064  normal  normal  0.754242  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0086  CDS  NC_013174  94875  96443  1569  MATE efflux family protein  YP_003160065  normal  normal  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0087  CDS  NC_013174  96784  97476  693  uracil-DNA glycosylase  YP_003160066  normal  0.179154  normal  0.734007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0088  CDS  NC_013174  97823  98506  684  YKOF domain protein  YP_003160067  normal  0.0259806  normal  0.736746  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0089  CDS  NC_013174  98587  99201  615  hypothetical protein  YP_003160068  normal  0.0235527  normal  0.531775  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0090  CDS  NC_013174  99198  100922  1725  ABC transporter related  YP_003160069  normal  0.0101014  normal  0.484977  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0091  CDS  NC_013174  100919  101695  777  cobalt transport protein  YP_003160070  normal  0.0139648  normal  0.284452  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0092  CDS  NC_013174  101703  102947  1245  major facilitator superfamily MFS_1  YP_003160071  normal  0.031642  normal  0.214383  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0093  CDS  NC_013174  102958  103683  726  ExsB family protein  YP_003160072  normal  0.0207264  normal  0.133167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0094  CDS  NC_013174  103990  104283  294  SirA family protein  YP_003160073  normal  0.249319  normal  0.118348  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0095  CDS  NC_013174  104411  104788  378  hypothetical protein  YP_003160074  normal  0.366937  normal  0.118811  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0096  CDS  NC_013174  105198  107099  1902  hypothetical protein  YP_003160075  normal  normal  0.176783  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0097  CDS  NC_013174  107258  109636  2379  ABC transporter related  YP_003160076  normal  0.73348  normal  0.128909  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0098  CDS  NC_013174  109663  110499  837  NmrA family protein  YP_003160077  normal  0.153556  normal  0.0803508  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0099  CDS  NC_013174  110522  110770  249  hypothetical protein  YP_003160078  normal  0.0127679  normal  0.0691122  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Jden_0100  CDS  NC_013174  110857  111903  1047  transcriptional regulator, LacI family  YP_003160079  normal  0.0658146  normal  0.053402  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 27    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>