More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0053 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0053  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  590  1e-167  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.488501 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4390  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18090  transcriptional regulator  45.21 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132657  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  46.4 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3750  transcriptional regulator, LysR family  45.57 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195821  hitchhiker  0.00432039 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 312 aa  186  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6040  transcriptional regulator, LysR family  50.36 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11030  transcriptional regulator  44.48 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0579  LysR substrate-binding protein  41.99 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4601  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.685719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6399  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 313 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0179787 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12305  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 312 aa  171  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2095  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4857  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 295 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 294 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  34.22 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  30.66 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 308 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.94 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.8 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.15 
 
 		 314 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  29.14 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 324 aa  101  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.96 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  32.34 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 328 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 332 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  31.34 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 314 aa  97.4  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  22.56 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 297 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  96.3  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>