More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4601 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4601  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  578  1e-164  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.685719 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  48.96 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  45.48 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18090  transcriptional regulator  44.52 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132657  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0053  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.488501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3750  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195821  hitchhiker  0.00432039 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6040  transcriptional regulator, LysR family  49.46 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6399  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0179787 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4390  LysR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 317 aa  172  7.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0579  LysR substrate-binding protein  40.55 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 312 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2095  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12305  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11030  transcriptional regulator  38.49 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4857  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  41.54 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 314 aa  128  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.97 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 310 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.44 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.46 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  27.12 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 308 aa  109  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 294 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.13 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.41 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  30.26 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>