More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_1341 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  561  1.0000000000000001e-159  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 312 aa  249  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6399  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 313 aa  229  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0179787 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4390  LysR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 317 aa  225  8e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  49.64 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18090  transcriptional regulator  48.97 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132657  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3750  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 307 aa  219  6e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195821  hitchhiker  0.00432039 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6040  transcriptional regulator, LysR family  55 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12305  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0053  transcriptional regulator, LysR family  46.4 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.488501 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4601  transcriptional regulator, LysR family  45.48 
 
 		 301 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.685719 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0579  LysR substrate-binding protein  43.39 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2095  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11030  transcriptional regulator  44.03 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 303 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 293 aa  152  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4857  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  38.02 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1783  MarR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000134706  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.83 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  34.76 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.18 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 324 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.09 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.09 
 
 		 290 aa  116  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  28.94 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.97 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.15 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.45 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 297 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>