More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6010 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6010  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 527 aa  1076    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  29.63 
 
 		 514 aa  156  8e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.94 
 
 		 502 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 		 505 aa  154  4e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0130  extracellular solute-binding protein family 5  30.08 
 
 		 542 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.870572 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3126  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 		 510 aa  147  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 516 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 516 aa  146  9e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 514 aa  146  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4848  peptide/opine/nickel uptake ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.08 
 
 		 539 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.227052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  28.34 
 
 		 515 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  29.89 
 
 		 516 aa  140  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.11 
 
 		 530 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5711  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 550 aa  139  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  32.66 
 
 		 544 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 512 aa  137  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.38 
 
 		 502 aa  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.17 
 
 		 515 aa  137  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 505 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  31.44 
 
 		 532 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.42 
 
 		 532 aa  136  9e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 534 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  30.77 
 
 		 520 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.39 
 
 		 504 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.76 
 
 		 505 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2743  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 542 aa  136  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000076574  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 520 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  31.19 
 
 		 532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.89 
 
 		 531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 534 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 528 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 528 aa  135  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 542 aa  134  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.13 
 
 		 544 aa  134  6e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  28.04 
 
 		 555 aa  133  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 523 aa  133  9e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  26.19 
 
 		 504 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.39 
 
 		 541 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 545 aa  133  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.42 
 
 		 516 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  29.95 
 
 		 529 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 515 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  29.43 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2006  transport binding transmembrane protein  30.85 
 
 		 528 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 547 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 528 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 510 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  29.23 
 
 		 533 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 499 aa  130  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2335  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 531 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913035  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 		 517 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 		 534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 524 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.15 
 
 		 543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 		 516 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.51 
 
 		 543 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.51 
 
 		 543 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.51 
 
 		 543 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 536 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 		 498 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.15 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  26.15 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.15 
 
 		 558 aa  128  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.15 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.78 
 
 		 535 aa  128  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  26.15 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.15 
 
 		 558 aa  128  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3804  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 501 aa  128  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000726853  hitchhiker  0.0000406829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 538 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 558 aa  128  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.51 
 
 		 543 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.15 
 
 		 558 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.86 
 
 		 543 aa  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.88 
 
 		 503 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 		 534 aa  127  4.0000000000000003e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0538  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.21 
 
 		 525 aa  127  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461639  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 534 aa  127  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2023  extracellular solute-binding protein family 5  24.58 
 
 		 531 aa  127  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0292401  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 503 aa  127  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 538 aa  127  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 510 aa  126  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  24.55 
 
 		 543 aa  126  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.63 
 
 		 542 aa  126  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 522 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  25.3 
 
 		 543 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.33 
 
 		 510 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  26.37 
 
 		 504 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 		 528 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  24.53 
 
 		 537 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 		 495 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  26.65 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  27.35 
 
 		 513 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>