30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5817 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5817  type IV secretion system family protein  100 
 
 		 244 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6326  P-type DNA transfer protein VirB5  32.72 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0531  type IV secretion system protein, putative  33.67 
 
 		 254 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0867  type IV secretion system family protein  33.02 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0065  type IV secretion system protein VirB5  26.72 
 
 		 238 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0500304  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0059  P-type DNA transfer protein VirB5  26.72 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0452  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  29.07 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6502  P-type DNA transfer protein VirB5  30.18 
 
 		 231 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1758  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  27.78 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291545  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2653  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  28.57 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0243741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0165  P-type DNA transfer protein VirB5  29.05 
 
 		 236 aa  72  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.572956 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0254  Type IV secretory pathway AvhB5 protein  30.67 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0678  P-type DNA transfer protein VirB5  25 
 
 		 232 aa  68.6  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7348  type IV secretion system family protein  32.05 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.260808 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1139  P-type DNA transfer protein VirB5  26.83 
 
 		 231 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4345  type IV secretion system  29.17 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3317  type IV secretion system family protein  28.46 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4198  P-type DNA transfer protein VirB5  28.65 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7533  type IV secretion system family protein  29.81 
 
 		 225 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.0576761 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3644  hypothetical protein  24.44 
 
 		 269 aa  49.7  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.065926 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4375  type IV secretion system family protein  25.39 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.669124 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5006  type IV secretion system family protein  24.17 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000746811  normal  0.254693 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3979  hypothetical protein  24.11 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.869571  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5085  P-type DNA transfer protein VirB5  26.2 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.997151 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0109  TriD protein  29.08 
 
 		 238 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4443  conjugal transfer protein  28.24 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.228705  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3816  hypothetical protein  24.44 
 
 		 269 aa  44.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.538291  normal  0.123124 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1486  type IV secretion system family protein  26.53 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08212  conjugal transfer protein TrbJ  23.35 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5025  type IV secretion system family protein  27.56 
 
 		 221 aa  41.6  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0212937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>