22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5006 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5006  type IV secretion system family protein  100 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000746811  normal  0.254693 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4345  type IV secretion system  32.31 
 
 		 231 aa  98.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0678  P-type DNA transfer protein VirB5  30 
 
 		 232 aa  98.2  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511281  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0254  Type IV secretory pathway AvhB5 protein  29.44 
 
 		 240 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5085  P-type DNA transfer protein VirB5  31.79 
 
 		 231 aa  85.5  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.997151 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1139  P-type DNA transfer protein VirB5  33.33 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4375  type IV secretion system family protein  27.88 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.669124 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7348  type IV secretion system family protein  28.83 
 
 		 234 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.260808 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0867  type IV secretion system family protein  28.37 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0065  type IV secretion system protein VirB5  25.68 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0500304  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0059  P-type DNA transfer protein VirB5  26.13 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1758  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  24.77 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291545  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0165  P-type DNA transfer protein VirB5  25.35 
 
 		 236 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.572956 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2653  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  24.77 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0243741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0452  putative type IV secretion system protein VirB5/TraF  22.75 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6502  P-type DNA transfer protein VirB5  23.64 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6326  P-type DNA transfer protein VirB5  27.98 
 
 		 236 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5817  type IV secretion system family protein  23.85 
 
 		 244 aa  52  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3317  type IV secretion system family protein  24.02 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4198  P-type DNA transfer protein VirB5  23.68 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3524  type IV secretion system family protein  23.27 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7533  type IV secretion system family protein  24 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.0576761 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>