More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4702 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03930  excinuclease ABC subunit A  40.56 
 
 		 940 aa  640    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.166439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3934  excinuclease ABC, A subunit  40.56 
 
 		 940 aa  639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_19031  excinuclease ABC subunit A  39.79 
 
 		 966 aa  686    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30191  excinuclease ABC subunit A  40.04 
 
 		 991 aa  640    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.213667 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2758  excinuclease ABC family protein  58.09 
 
 		 1855 aa  2153    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3325  excinuclease ABC, A subunit  38.97 
 
 		 937 aa  649    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1010  excinuclease ABC subunit A  38.19 
 
 		 954 aa  662    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0304  excinuclease ABC, A subunit  73.88 
 
 		 2005 aa  3020    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2694  excinuclease ABC, A subunit  39.75 
 
 		 942 aa  646    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0994  excinuclease ABC subunit A  70.29 
 
 		 1945 aa  2779    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0618908 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5271  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 958 aa  681    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11654  excinuclease ABC subunit A  42.1 
 
 		 972 aa  655    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.550141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4030  excinuclease ABC, A subunit  40.32 
 
 		 950 aa  655    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5015  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 958 aa  681    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.93666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4844  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 958 aa  681    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4859  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 958 aa  681    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0638  excinuclease ABC, A subunit  40.55 
 
 		 958 aa  650    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00172923  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0062  excinuclease ABC, subunit A, form 2  68.28 
 
 		 1970 aa  2642    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0451  excinuclease ABC subunit A  38.47 
 
 		 951 aa  645    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0427  excinuclease ABC subunit A  38.37 
 
 		 951 aa  641    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0473  excinuclease ABC subunit A  40.85 
 
 		 941 aa  668    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.78914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2024  excinuclease ABC subunit A  40.78 
 
 		 945 aa  672    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136428  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1323  excinuclease ABC subunit A  39.49 
 
 		 980 aa  657    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0073  excinuclease ABC, A subunit  68.38 
 
 		 1997 aa  2650    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4240  UvrA family protein  69.49 
 
 		 1957 aa  2711    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.591545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2710  excinuclease ABC subunit A  43.31 
 
 		 1008 aa  716    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00698098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0436  excinuclease ABC subunit A  40.04 
 
 		 940 aa  667    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.64292  normal  0.354082 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0168  excinuclease ABC subunit A  38.78 
 
 		 921 aa  662    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1568  excinuclease ABC, subunit A, form 2  68.38 
 
 		 1971 aa  2651    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.49006  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0078  excinuclease ABC subunit A  54.9 
 
 		 1867 aa  2047    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0074  excinuclease ABC, A subunit  68.28 
 
 		 1970 aa  2642    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.862604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0087  excinuclease ABC, A subunit  37.98 
 
 		 937 aa  640    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000141309  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7351  UvrA family protein  69.04 
 
 		 1967 aa  2714    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.965085  normal  0.937028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0539  excinuclease ABC subunit A  40.72 
 
 		 956 aa  699    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.111546  normal  0.557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1662  excinuclease ABC subunit A  38.73 
 
 		 958 aa  645    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2317  excinuclease ABC subunit A  40.55 
 
 		 976 aa  644    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.458787  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0154  excinuclease ABC subunit A  38.65 
 
 		 951 aa  658    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.676306  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1301  excinuclease ABC subunit A  40.27 
 
 		 942 aa  716    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2691  excinuclease ABC subunit A  40.37 
 
 		 987 aa  657    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0128  excinuclease ABC subunit A  38.29 
 
 		 937 aa  640    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2580  UvrA family protein  57.05 
 
 		 1892 aa  2117    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.603689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3003  excinuclease ABC subunit A  41.82 
 
 		 973 aa  649    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.855569  normal  0.034696 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3438  excinuclease ABC, A subunit  38.9 
 
 		 1040 aa  663    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160486 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5395  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 958 aa  681    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1804  excinuclease ABC subunit A  40.27 
 
 		 967 aa  671    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0285  excinuclease ABC, A subunit  41.59 
 
 		 1012 aa  650    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2229  excinuclease ABC, A subunit  40.71 
 
 		 944 aa  672    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.748559  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0255  excinuclease ABC subunit A  42.79 
 
 		 971 aa  712    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0075  excinuclease ABC, subunit A, form 2  68.43 
 
 		 2021 aa  2662    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0853  excinuclease ABC subunit A  38.46 
 
 		 954 aa  642    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1127  excinuclease ABC subunit A  38.01 
 
 		 966 aa  642    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1160  excinuclease ABC, A subunit  39.57 
 
 		 953 aa  662    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1218  excinuclease ABC, subunit A, form 2  68.28 
 
 		 1970 aa  2642    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.13215  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0311  excinuclease ABC subunit A  38.46 
 
 		 942 aa  663    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00463978  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3814  excinuclease ABC, A subunit  73.73 
 
 		 2098 aa  3073    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0993  excinuclease ABC subunit A  40.3 
 
 		 946 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.883407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2426  excinuclease ABC subunit A  41.19 
 
 		 939 aa  651    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.106022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4139  UvrA family protein  73.9 
 
 		 2024 aa  3045    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.79148 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3065  excinuclease ABC, A subunit  38.66 
 
 		 956 aa  657    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000246359  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3001  UvrA family protein  68.49 
 
 		 1971 aa  2696    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0103  excinuclease ABC subunit A  41.46 
 
 		 1016 aa  663    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  unclonable  0.00106223  normal  0.272791 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21961  excinuclease ABC subunit A  39.43 
 
 		 980 aa  655    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2046  excinuclease ABC subunit A  40.61 
 
 		 959 aa  637    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.230039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2429  excinuclease ABC, A subunit  40.51 
 
 		 931 aa  742    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4549  excinuclease ABC subunit A  69.24 
 
 		 1959 aa  2736    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0776  excinuclease ABC subunit A  39.36 
 
 		 981 aa  673    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.839433  normal  0.0723742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2022  excinuclease ABC subunit A  38.58 
 
 		 973 aa  658    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0694  excinuclease ABC subunit A  38.7 
 
 		 1004 aa  640    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.641362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2246  excinuclease ABC, A subunit  53.81 
 
 		 1896 aa  1933    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186636  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3346  UvrA family protein  72.61 
 
 		 1929 aa  2851    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.973275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5608  excinuclease ABC, A subunit  69.24 
 
 		 1964 aa  2708    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2988  excinuclease ABC subunit A  41.33 
 
 		 973 aa  647    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0488  excinuclease ABC, A subunit  75.15 
 
 		 1965 aa  3030    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3698  excinuclease ABC subunit A  40 
 
 		 944 aa  658    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3421  excinuclease ABC subunit A  40.42 
 
 		 950 aa  655    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00603968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0531  excinuclease ABC subunit A  40.32 
 
 		 950 aa  653    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2185  excinuclease ABC, A subunit  54.33 
 
 		 2175 aa  787    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.124158 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0384  excinuclease ABC subunit A  39.36 
 
 		 954 aa  662    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000942847  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3747  UvrA family protein  79.84 
 
 		 1941 aa  3217    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0440  excinuclease ABC subunit A  41.03 
 
 		 916 aa  672    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.674144  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6248  excinuclease ABC, A subunit  69.34 
 
 		 1996 aa  2715    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2009  excinuclease ABC subunit A  39 
 
 		 943 aa  659    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.407568  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0374  excinuclease ABC subunit A  39.58 
 
 		 952 aa  666    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0393  excinuclease ABC subunit A  39.24 
 
 		 952 aa  671    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2079  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 975 aa  665    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.224045  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1501  excinuclease ABC, subunit A, form 2  68.28 
 
 		 1970 aa  2642    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.776377  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5972  excinuclease ABC, A subunit  69.24 
 
 		 1964 aa  2708    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0125228 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0731  excinuclease ABC, A subunit  43.31 
 
 		 1895 aa  1398    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19211  excinuclease ABC subunit A  40.1 
 
 		 967 aa  660    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3616  excinuclease ABC subunit A  38.86 
 
 		 950 aa  676    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3592  excinuclease ABC subunit A  40.32 
 
 		 950 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0287106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1109  excinuclease ABC subunit A  41.64 
 
 		 947 aa  710    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.57709  normal  0.229428 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3848  excinuclease ABC, A subunit  40.34 
 
 		 975 aa  656    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00424286  unclonable  0.0000162445 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1939  excinuclease ABC subunit A  39.9 
 
 		 950 aa  702    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0317613  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1601  excinuclease ABC, A subunit  38.48 
 
 		 960 aa  659    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.409115  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1905  excinuclease ABC, A subunit  38.16 
 
 		 962 aa  644    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3032  excinuclease ABC subunit A  41.33 
 
 		 973 aa  647    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.69865 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4831  excinuclease ABC subunit A  38.99 
 
 		 978 aa  669    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_19021  excinuclease ABC subunit A  40.56 
 
 		 967 aa  695    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4341  excinuclease ABC, A subunit  80.66 
 
 		 1969 aa  3211    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>