More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3814 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0546  excinuclease ABC, A subunit  38.77 
 
 		 946 aa  677    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0457921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2758  excinuclease ABC family protein  55.36 
 
 		 1855 aa  1717    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3325  excinuclease ABC, A subunit  39.09 
 
 		 937 aa  677    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0522  excinuclease ABC subunit A  39.2 
 
 		 944 aa  686    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0045705  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0440  excinuclease ABC subunit A  37.92 
 
 		 916 aa  646    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.674144  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1010  excinuclease ABC subunit A  37.22 
 
 		 954 aa  642    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0427  excinuclease ABC subunit A  37.38 
 
 		 944 aa  662    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0976  excinuclease ABC subunit A  38.59 
 
 		 931 aa  660    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.177637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0916  excinuclease ABC, A subunit  36.49 
 
 		 931 aa  645    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1501  excinuclease ABC, subunit A, form 2  66.53 
 
 		 1970 aa  2140    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.776377  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0994  excinuclease ABC subunit A  67.61 
 
 		 1945 aa  2220    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0618908 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5271  excinuclease ABC subunit A  38.31 
 
 		 958 aa  675    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3065  excinuclease ABC, A subunit  38.08 
 
 		 956 aa  671    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000246359  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0311  excinuclease ABC subunit A  37.59 
 
 		 942 aa  651    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00463978  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5015  excinuclease ABC subunit A  38.21 
 
 		 958 aa  674    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.93666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4844  excinuclease ABC subunit A  38.21 
 
 		 958 aa  674    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2246  excinuclease ABC, A subunit  51.42 
 
 		 1896 aa  1526    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186636  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4859  excinuclease ABC subunit A  38.21 
 
 		 958 aa  674    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0062  excinuclease ABC, subunit A, form 2  66.53 
 
 		 1970 aa  2140    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0304  excinuclease ABC, A subunit  72.43 
 
 		 2005 aa  2445    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2429  excinuclease ABC, A subunit  39.77 
 
 		 931 aa  747    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3346  UvrA family protein  67.51 
 
 		 1929 aa  2213    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.973275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0473  excinuclease ABC subunit A  38.7 
 
 		 941 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.78914 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2024  excinuclease ABC subunit A  39.79 
 
 		 945 aa  691    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136428  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1323  excinuclease ABC subunit A  38.69 
 
 		 980 aa  679    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21961  excinuclease ABC subunit A  38.59 
 
 		 980 aa  677    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4240  UvrA family protein  64.74 
 
 		 1957 aa  2613    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.591545  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2710  excinuclease ABC subunit A  38.16 
 
 		 1008 aa  663    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00698098 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0436  excinuclease ABC subunit A  38.92 
 
 		 940 aa  640    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.64292  normal  0.354082 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3591  excinuclease ABC subunit A  38.95 
 
 		 965 aa  677    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.240208  normal  0.0431372 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1568  excinuclease ABC, subunit A, form 2  66.71 
 
 		 1971 aa  2154    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.49006  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0078  excinuclease ABC subunit A  54.34 
 
 		 1867 aa  1698    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_19021  excinuclease ABC subunit A  39.41 
 
 		 967 aa  677    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0087  excinuclease ABC, A subunit  37.52 
 
 		 937 aa  647    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000141309  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7351  UvrA family protein  64.48 
 
 		 1967 aa  2647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.965085  normal  0.937028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0539  excinuclease ABC subunit A  39.01 
 
 		 956 aa  684    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.111546  normal  0.557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1662  excinuclease ABC subunit A  38.53 
 
 		 958 aa  643    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2317  excinuclease ABC subunit A  39.87 
 
 		 976 aa  657    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.458787  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0154  excinuclease ABC subunit A  37.81 
 
 		 951 aa  649    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.676306  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1301  excinuclease ABC subunit A  39.5 
 
 		 942 aa  708    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2691  excinuclease ABC subunit A  39.56 
 
 		 987 aa  681    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0128  excinuclease ABC subunit A  38.53 
 
 		 937 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2580  UvrA family protein  54.23 
 
 		 1892 aa  1669    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.603689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3003  excinuclease ABC subunit A  39.37 
 
 		 973 aa  652    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.855569  normal  0.034696 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5395  excinuclease ABC subunit A  38.21 
 
 		 958 aa  674    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1804  excinuclease ABC subunit A  39.49 
 
 		 967 aa  675    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0848  excinuclease ABC subunit A  41.32 
 
 		 1003 aa  701    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.23949 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0783  excinuclease ABC subunit A  37.22 
 
 		 948 aa  665    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.686779  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3548  excinuclease ABC subunit A  39.06 
 
 		 967 aa  646    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.658203  normal  0.309926 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0384  excinuclease ABC subunit A  39.7 
 
 		 954 aa  684    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000942847  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0255  excinuclease ABC subunit A  40.42 
 
 		 971 aa  670    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0075  excinuclease ABC, subunit A, form 2  66.77 
 
 		 2021 aa  2157    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0074  excinuclease ABC, A subunit  66.53 
 
 		 1970 aa  2140    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.862604  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1192  excinuclease ABC subunit A  37.39 
 
 		 970 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.548367  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4831  excinuclease ABC subunit A  38.87 
 
 		 978 aa  673    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1218  excinuclease ABC, subunit A, form 2  66.53 
 
 		 1970 aa  2140    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.13215  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3814  excinuclease ABC, A subunit  100 
 
 		 2098 aa  4294    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4379  excinuclease ABC, A subunit  37.65 
 
 		 962 aa  660    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121684  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4139  UvrA family protein  73.73 
 
 		 2024 aa  2470    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.79148 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3001  UvrA family protein  66.85 
 
 		 1971 aa  2202    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_19031  excinuclease ABC subunit A  38.82 
 
 		 966 aa  670    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1158  excinuclease ABC subunit A  37.45 
 
 		 941 aa  671    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3111  excinuclease ABC subunit A  39.55 
 
 		 987 aa  677    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.400929  normal  0.194384 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4549  excinuclease ABC subunit A  64.91 
 
 		 1959 aa  2647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0776  excinuclease ABC subunit A  38.45 
 
 		 981 aa  665    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.839433  normal  0.0723742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2022  excinuclease ABC subunit A  42.11 
 
 		 973 aa  765    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0694  excinuclease ABC subunit A  37.61 
 
 		 1004 aa  637    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.641362 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0926  excinuclease ABC subunit A  38.21 
 
 		 967 aa  640    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.160818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5608  excinuclease ABC, A subunit  64.38 
 
 		 1964 aa  2610    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2988  excinuclease ABC subunit A  39.29 
 
 		 973 aa  639    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30191  excinuclease ABC subunit A  38.44 
 
 		 991 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.213667 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0158  excinuclease ABC subunit A  36.58 
 
 		 947 aa  647    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3698  excinuclease ABC subunit A  39.33 
 
 		 944 aa  674    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0337  excinuclease ABC subunit A  38.15 
 
 		 939 aa  691    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0329  excinuclease ABC subunit A  38.46 
 
 		 939 aa  695    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4529  excinuclease ABC subunit A  38.65 
 
 		 1004 aa  677    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2185  excinuclease ABC, A subunit  52.71 
 
 		 2175 aa  790    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.124158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3747  UvrA family protein  72.02 
 
 		 1941 aa  3012    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0252  excinuclease ABC (subunit A)  39.83 
 
 		 942 aa  692    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00117135  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6248  excinuclease ABC, A subunit  64.57 
 
 		 1996 aa  2619    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4509  excinuclease ABC, A subunit  37.34 
 
 		 943 aa  640    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2009  excinuclease ABC subunit A  37.71 
 
 		 943 aa  646    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.407568  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0374  excinuclease ABC subunit A  38.45 
 
 		 952 aa  683    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1317  excinuclease ATPase subunit  37.2 
 
 		 953 aa  656    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.133455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0393  excinuclease ABC subunit A  38.71 
 
 		 952 aa  671    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1722  excinuclease ABC subunit A  37.82 
 
 		 941 aa  637    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2079  excinuclease ABC subunit A  38.66 
 
 		 975 aa  651    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.224045  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5972  excinuclease ABC, A subunit  64.38 
 
 		 1964 aa  2610    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0125228 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0731  excinuclease ABC, A subunit  44.15 
 
 		 1895 aa  978    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3616  excinuclease ABC subunit A  37.94 
 
 		 950 aa  664    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557208 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0488  excinuclease ABC, A subunit  72.66 
 
 		 1965 aa  3022    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1109  excinuclease ABC subunit A  39.94 
 
 		 947 aa  692    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.57709  normal  0.229428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3515  excinuclease ABC, A subunit  38.01 
 
 		 954 aa  657    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000620303  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0517  excinuclease ABC subunit A  37.97 
 
 		 962 aa  641    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.516633  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1939  excinuclease ABC subunit A  38.04 
 
 		 950 aa  671    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0317613  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2524  excinuclease ABC subunit A  38.97 
 
 		 1019 aa  685    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.247426  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3032  excinuclease ABC subunit A  39.29 
 
 		 973 aa  639    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.69865 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3339  excinuclease ABC subunit A  39.58 
 
 		 967 aa  646    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818177 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0073  excinuclease ABC, A subunit  66.59 
 
 		 1997 aa  2149    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4341  excinuclease ABC, A subunit  75.37 
 
 		 1969 aa  3119    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>